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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cttgaaaaaattactaatgttttgagcatgcgattcccaatcaattataaattgtgtattcctctttaaattgaatgctctattctgttctcctggtcagGTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATTTATTGCATTTGTATCAACTGAGGCAGAGACAGATCAGCCGGCAATTGAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G30140.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G30140.2 (Glycine max), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv05s0094g01550.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
----cttgaaaaaattactaatgtt-ttgagcatgcgattcccaatcaattataaattgtgtattcctctttaaattgaatgctctattctgttctcctggtcagGTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATTTATTGCATTTGTATCAACTGAGGCAGAGACAGATCAGCCGGCAATTGAA
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caagatttagcagtcaactaaagttatttaatgtgtctttttgtttctttcctctattttg---ttgggactaaatcttgtaaatacctctatgattgtg--tagGTATCTTTTCTGTTGTTCTTATTCTCACAATGTTGCTCCCAAGGGCAAATTCATTGCATTTGTATCGACCGAGGCAGAGACTGATCATCCTGAGTCTGAA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|7233927|gb|AW569269.1|AW569269
EST:     TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACAT                         GTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
genomic: TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACATgtaagttgac ... tcctggtcagGTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
EST: gi|192313375|gb|FK005147.1|FK005147
EST:     TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGA-GTCAGACAT                         GTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAA-TT
genomic: TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACATgtaagttgac ... tcctggtcagGTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
EST: gi|208295615|gb|GE091738.1|GE091738
EST:     TCGGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACAT                         GTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAA
genomic: TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACATgtaagttgac ... tcctggtcagGTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAA
EST: gi|254345203|gb|GR855753.1|GR855753
EST:     TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACAT                         GTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
genomic: TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACATgtaagttgac ... tcctggtcagGTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
EST: gi|13311697|gb|BG405348.1|BG405348
EST:     TCGGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACAT                         GTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
genomic: TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACATgtaagttgac ... tcctggtcagGTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
EST: gi|21678120|gb|BQ630462.1|BQ630462
EST:     GTCGGAAGTCAGACAT                         GTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
genomic: GTCGGAAGTCAGACATgtaagttgac ... tcctggtcagGTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
EST: gi|193512280|gb|FK467756.1|FK467756
EST:     TCGGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACAT                         GTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
genomic: TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACATgtaagttgac ... tcctggtcagGTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
EST: gi|208271259|gb|GE067859.1|GE067859
EST:     TCGGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACAT                         GTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTC
genomic: TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACATgtaagttgac ... tcctggtcagGTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTC
EST: gi|298190136|gb|HO032257.1|HO032257
EST:     TCGGTGCAAATTATTTTACCGCAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACAT                         GTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
genomic: TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACATgtaagttgac ... tcctggtcagGTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
EST: gi|9565090|gb|BE474599.1|BE474599
EST:     TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACAT                         GTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
genomic: TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACATgtaagttgac ... tcctggtcagGTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
EST: gi|207833995|gb|GD805784.1|GD805784
EST:     TCGGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACAT                         GTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
genomic: TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACATgtaagttgac ... tcctggtcagGTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
EST: gi|254345204|gb|GR855754.1|GR855754
EST:     TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACAT                         GTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
genomic: TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACATgtaagttgac ... tcctggtcagGTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
EST: gi|14989997|gb|BI315670.1|BI315670
EST:     TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACAT                         GTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
genomic: TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACATgtaagttgac ... tcctggtcagGTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
EST: gi|254342790|gb|GR858952.1|GR858952
EST:     TCAGTGCAAA-TATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACAT                         GTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
genomic: TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACATgtaagttgac ... tcctggtcagGTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
EST: gi|207712773|gb|GD693397.1|GD693397
EST:     TCGGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACAT                         GTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAA
genomic: TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACATgtaagttgac ... tcctggtcagGTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAA
EST: gi|207819023|gb|GD790399.1|GD790399
EST:     TCGGTGCAAATTATTTTACCACAGAACCAGTTGGGTCGGAAGTCAGACAT                         GTACCTATTTTGTTGTTCGTAT
genomic: TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACATgtaagttgac ... tcctggtcagGTACCTATTTTGTTGTTCGTAT
EST: gi|19348752|gb|BM893284.1|BM893284
EST:     TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACAT                         GTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
genomic: TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACATgtaagttgac ... tcctggtcagGTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
EST: gi|192322507|gb|FK014628.1|FK014628
EST:     TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACAT                         GTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
genomic: TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACATgtaagttgac ... tcctggtcagGTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
EST: gi|17401533|gb|BM178315.1|BM178315
EST:     TCGGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACAT                         GTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
genomic: TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACATgtaagttgac ... tcctggtcagGTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
EST: gi|24205309|gb|BU964562.1|BU964562
EST:     TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACAT                         GTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
genomic: TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACATgtaagttgac ... tcctggtcagGTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
EST: gi|14125915|gb|BG790353.1|BG790353
EST:     TCGGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACAT                         GTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
genomic: TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACATgtaagttgac ... tcctggtcagGTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
EST: gi|4291506|gb|AI437629.1|AI437629
EST:     TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACAT                         GTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
genomic: TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACATgtaagttgac ... tcctggtcagGTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
EST: gi|120533574|gb|EH261707.1|EH261707
EST:     TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACAT                         GTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
genomic: TCAGTGCAAATTATTTTACCACAGAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACATgtaagttgac ... tcctggtcagGTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
EST: gi|208194601|gb|GD988472.1|GD988472
EST:     GAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACAT                         GTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT
genomic: GAAACAGTTGGGTCGGAAGTCAGACATgtaagttgac ... tcctggtcagGTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tataaattgtgtattcctctttaaattgaatgctctattctgttctcctggtcagGTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATTTATTGCATTTGTATCAACTGAGGCAGAGACAGATCAGCCGGCAATTGAA
                                ctctattctgttctcc  CT-rich tract
                 tctttaaattgaat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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cttgaaaaaattactaatgttttgagcatgcgattcccaatcaattataaattgtgtattcctctttaaattgaatgctctattctgttctcctggtcagGTACCTATTTTGTTGTTCGTATACTCACAATGTTGCTCCAAAGGGAAAATTTATTGCATTTGTATCAACTGAGGCAGAGACAGATCAGCCGGCAATTGAA

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