1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' | 12 5' 3' |
gtacttattaattttcattacctagacttgccttatgaagaatattgatatgttttctacttgcttttcatgtttgggataaaaaaaatttaatctgattaaaaatttgttaaagtaaggttcttgtgatttttttctcatgtttgtcttctgcagCGGTATTTCACAATCCTATTCAACTCAAAGGGACAAGATTCTACCTAAGCTGACTAAACTTGCTATAAATAACAGAAGATTTGATGGAAGAGCACTAGAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA05G07610.1 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GAAGCCCTTTCCAGAGCTTCTGCAGATAGGAGAATGAAGTATCTTAATCG CGGTATTTCACAATCCTATTCAACTCAAAGGGACAAGATTCTACCTAAGCTEST: gi|51337881|gb|CO981747.1|CO981747
genomic: GAAGCCCTTTCCAGAGCTTCTGCAGATAGGAGAATGAAGTATCTTAATCGgtacttatta ... tcttctgcagCGGTATTTCACAATCCTATTCAACTCAAAGGGACAAGATTCTACCTAAGCT
EST: TGCAGATAGGAGAATGAAGTANNNTAATCG CGGTANNNNACAATCCTATTCAACTCAAAGGGACAAGATTCTANNNAAGCTEST: gi|7924989|gb|AW831015.1|AW831015
genomic: TGCAGATAGGAGAATGAAGTATCTTAATCGgtacttatta ... tcttctgcagCGGTATTTCACAATCCTATTCAACTCAAAGGGACAAGATTCTACCTAAGCT
EST: GAAGCCCTTTCCAGAGCTTCTGCAGATAGGAGAATGAAGTATCTTAATCG CGGTATTTCACAATCCTATTCAACTCAAAGGGACAAGATTCTACCTAAGCT
genomic: GAAGCCCTTTCCAGAGCTTCTGCAGATAGGAGAATGAAGTATCTTAATCGgtacttatta ... tcttctgcagCGGTATTTCACAATCCTATTCAACTCAAAGGGACAAGATTCTACCTAAGCT
aaaatttgttaaagtaaggttcttgtgatttttttctcatgtttgtcttctgcagCGGTATTTCACAATCCTATTCAACTCAAAGGGACAAGATTCTACCTAAGCTGACTAAACTTGCTATAAATAACAGAAGATTTGATGGAAGAGCACTAGAA
tttttttctcatgttt CT-rich tract
tgattttttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtacttattaattttcattacctagacttgccttatgaagaatattgatatgttttctacttgcttttcatgtttgggataaaaaaaatttaatctgattaaaaatttgttaaagtaaggttcttgtgatttttttctcatgtttgtcttctgcagCGGTATTTCACAATCCTATTCAACTCAAAGGGACAAGATTCTACCTAAGCTGACTAAACTTGCTATAAATAACAGAAGATTTGATGGAAGAGCACTAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA