Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aatattctatatatttgattgattgaatttccttcccatcactggtctaaatttctccataagtgattatttattgatatatgactattgttccctgcagTCACATCCTGGTGGTTTGCTTTTTACAAAATTTGGTAGCAATCAGACTGCCCTTCTTGACTTGGCTTTCCCA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA05G03270.2
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA05G03270.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv17s0000g01550.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 14
-------------aatattctatatatttgattgattgaatttccttcccatcactggtctaa--atttctccataagtgattatttattgatatatgactattgttccc--tgcagTCACATCCTGGTGGTTTGCTTTTTACAAAATTTGGTAGCAATCAGACTGCCCTTCTTGACTTGGCTTTCCCA
             ||||   | |   |   ||| |   |  || ||    |  |    | | |  || | |  | || | |  | | |  | | |||  |  |||| ||   |||||||||| |||||||||||||| || |||||||| |||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| 
gtatttttatttgaataccattt-cgtcctatttacatacctttctaaaaaggatgaattttagcatattttgaaaaataaaaaataaaagttgtataccatttgtgcctcttgcagTCACACCCTGGTGGTTTGCTCTTCACAAAATTCGGTAGCAACCAAACTGCTCTTCTTGACTTGGCTTTCCCG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tctaaatttctccataagtgattatttattgatatatgactattgttccctgcagTCACATCCTGGTGGTTTGCTTTTTACAAAATTTGGTAGCAATCAGACTGCCCTTCTTGACTTGGCTTTCCCA
                          tattgat  putative branch site (score: 3)
                                          ttgttccct  putative PPT
                    attatttattgatata  TA-rich tract