1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
gttgtcatctctcatatcatgaaacttttctatgcctcaatgaaaaaggtttaaaaatctgatccctttttttttcagAACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGTTTGAGAATAGCAATGAGGAAAGCTGGAGATGATGTTAAAGGAGCAGCCT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA04G16670.1 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CATGGTTGTGTGTGAAGCATGTCAAAAGCAATGCTATTGTGATAGCTAAG AACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGTEST: gi|19347021|gb|BM891901.1|BM891901
genomic: CATGGTTGTGTGTGAAGCATGTCAAAAGCAATGCTATTGTGATAGCTAAGgttgtcatct ... tttttttcagAACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGT
EST: CATGGTTGTGTGTGAAGCATGTCAAAAGCAATGCTATTGTGATAGCTAAG AACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGTEST: gi|10233855|gb|BE802743.1|BE802743
genomic: CATGGTTGTGTGTGAAGCATGTCAAAAGCAATGCTATTGTGATAGCTAAGgttgtcatct ... tttttttcagAACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGT
EST: CATGGTTGTGTGTGAAGCATGTCAAAAGCAATGCTATTGTGATAGCTAAG AACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGTEST: gi|9898831|gb|BE607799.1|BE607799
genomic: CATGGTTGTGTGTGAAGCATGTCAAAAGCAATGCTATTGTGATAGCTAAGgttgtcatct ... tttttttcagAACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGT
EST: CATGGTTGTGTGTGAAGCATGTCAAAAGCAATGCTATTGTGATAGCTAAG AACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGTEST: gi|6847690|gb|AW349980.1|AW349980
genomic: CATGGTTGTGTGTGAAGCATGTCAAAAGCAATGCTATTGTGATAGCTAAGgttgtcatct ... tttttttcagAACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGT
EST: CATGGTTGTGTGTGAAGCATGTCAAAAGCAATGCTATTGTGATAGCTAAG AACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGTEST: gi|9898619|gb|BE607587.1|BE607587
genomic: CATGGTTGTGTGTGAAGCATGTCAAAAGCAATGCTATTGTGATAGCTAAGgttgtcatct ... tttttttcagAACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGT
EST: CATGGTTGTGTGTGAAGCATGTCAAAAGCAATGCTATTGTGATAGCTAAG AACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGTEST: gi|298188317|gb|HO035010.1|HO035010
genomic: CATGGTTGTGTGTGAAGCATGTCAAAAGCAATGCTATTGTGATAGCTAAGgttgtcatct ... tttttttcagAACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGT
EST: CATGGTTGTGTGTGAAGCATGTCAAAAGCAATGCTATTGTGATAGCTAAG AACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGT
genomic: CATGGTTGTGTGTGAAGCATGTCAAAAGCAATGCTATTGTGATAGCTAAGgttgtcatct ... tttttttcagAACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGT
acttttctatgcctcaatgaaaaaggtttaaaaatctgatccctttttttttcagAACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGTTTGAGAATAGCAATGAGGAAAGCTGGAGATGATGTTAAAGGAGCAGCCT
atctgat putative branch site (score: 4)
tctgatcccttttttt CT-rich tract
aaaaaggtttaaaaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttgtcatctctcatatcatgaaacttttctatgcctcaatgaaaaaggtttaaaaatctgatccctttttttttcagAACAATTGCATGTTAGGTATGGGAAGTGGGCAACCAAACCGTGTCGAGAGTTTGAGAATAGCAATGAGGAAAGCTGGAGATGATGTTAAAGGAGCAGCCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG