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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tggaacagattttgttttgttcagtttttcttttgcaccatacatttccattttagatcatgttttgatgatgtaatatatttatttcattcttgtacagAATACTTATGATGATGCAAACTGTGGCTTCACGCAAAGCTGTGAATAGAATGAGCTCCTCAGCTGTGGCAGCTTGCATGGCGCCTTTACTTCTTCGCCCC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA04G09780.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA04G09780.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv18s0001g07310.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 11
tggaacagattttgttttgttcagtttttcttttgcaccatacatttccattttagatcatgttttgatgatgtaatatatttatttcattcttgtaca----gAATACTTATGATGATGCAAACTGTGGCTTCACGCAAAGCTGTGAATAGAATGAGCTCCTCAGCTGTGGCAGCTTGCATGGCGCCTTTACTTCTTCGCCCC
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-aaaaaatagtttatttgctttctttgctttcttgctcta---atttagcagcagttgcacttctccatgtttaaacttgtttatttcattcctctgcatccagAATTCTAATGATGATGCAAACTGTGGCTTCTCACAAAGCTGAGAATCGAATGAGCTCTTCAGCTGTGTCTGCTTGCATGGCACCTTTACTTCTTCGTCCC


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttccattttagatcatgttttgatgatgtaatatatttatttcattcttgtacagAATACTTATGATGATGCAAACTGTGGCTTCACGCAAAGCTGTGAATAGAATGAGCTCCTCAGCTGTGGCAGCTTGCATGGCGCCTTTACTTCTTCGCCCC
                 ttttgat  putative branch site (score: 4)
                                   tttatttcattctt  putative PPT
                 ttttgatgatgtaata  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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tggaacagattttgttttgttcagtttttcttttgcaccatacatttccattttagatcatgttttgatgatgtaatatatttatttcattcttgtacagAATACTTATGATGATGCAAACTGTGGCTTCACGCAAAGCTGTGAATAGAATGAGCTCCTCAGCTGTGGCAGCTTGCATGGCGCCTTTACTTCTTCGCCCC

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- - - - - - tgttttg
- - - - - - - - - - - - - - - ttttgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccataca
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