Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagttgaaaactgaagtatgaaattggatgaatatgaacatatttgaatagtttattgctacacattagGTGGACACAAATGTTGGACGTATAGCAGTAAGATTGGGATGGGTGCCTCTCCAGCCACTGCCAGAGTCACTACAGTTGCATCTTCTAGAATT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA03G34860.2
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA03G34860.2 (Glycine max), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv08s0007g03920.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 7
gtaagttgaaaactgaagtatgaa---attggatgaatatgaacatatttgaatagtttattgctacacatt-----------agGTGGACACAAATGTTGGACGTATAGCAGTAAGATTGGGATGGGTGCCTCTCCAGCCACTGCCAGAGTCACTACAGTTGCATCTTCTAGAATT
||||||| |||  | || |||| |     || ||| |  |  ||  || | ||   |  | |  |||   ||           |||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || || |||||  |||| |||||||| || ||||||||||||||| |
gtaagttcaaacttcaattatgtatatgctgaatgcaattctacgaatctcaaacttacaattttacttgtttatcttcaaaaagGTTGATACAAATGTTGGACGTATAGCTGTAAGATTGGGATGGGTACCCCTTCAGCCCTTGCCTGAGTCACTTCAATTGCATCTTCTAGAACT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agtatgaaattggatgaatatgaacatatttgaatagtttattgctacacattagGTGGACACAAATGTTGGACGTATAGCAGTAAGATTGGGATGGGTGCCTCTCCAGCCACTGCCAGAGTCACTACAGTTGCATCTTCTAGAATT
                aatatgaacatatttg  TA-rich tract