Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagatgtcaatttccagcttagcactcccttactttcaggttggggtaaaatggtgaacaggataaccttattgctagaacttatggtttatatatttatgtcacagGAATCTGGCCAAATATCTGTCACTGACTATGTCCGGATAACAAGCACTGAATG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA02G44690.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA02G44690.1 (Glycine max), 3'ss of exon 10
lower sequence: Vv06s0009g02790.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 10
gtaagatgtc--aatttccagcttagcactcccttactttcaggttggggtaaaatggtgaa----caggataac-cttattgctagaacttatggtttatatatttatgtcacagGAATCTGGCCAAATATCTGTCACTGACTATGTCCGGATAACAAGCACTGAATG
||||| || |   ||||   | |    ||| |   |||   || |     |  |||| | ||    |   ||| |  || ||  |    ||| |      | ||||||| |  ||||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
gtaagttgcctggatttgttgttcgttacttcaaaactaatagctcaaattggaatgataaattccctaaatagcattttttttttctgcttctcaaac-tctatttatcttccagGAGTCTGGCCAAATCTCAGTCACTGATTATGTCCGGATAACAAGCACTGAATG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|23730285|gb|BU763240.1|BU763240
EST:     GTATTGAAGAAAGAATGCATTTGGTATGGGATATCATGGTG                         GAATCTGGCCAAATATCTGTCACTGACTATGTCCGGATAACAAGCACTGAA
genomic: GTATTGAAGAAAGAATGCATTTGGTATGGGATATCATGGTGgtaagatgtc ... tatgtcacagGAATCTGGCCAAATATCTGTCACTGACTATGTCCGGATAACAAGCACTGAA
EST: gi|22929708|gb|BU546847.1|BU546847
EST:     TCAATGGTATTGAAGAAAGAATGCATTTGGTATGGGATATCATGGTG                         GAATCTGGCCAAATATCTGTCACTGACTATGTCCGGATAACAAGCACTGAA
genomic: TCAATGGTATTGAAGAAAGAATGCATTTGGTATGGGATATCATGGTGgtaagatgtc ... tatgtcacagGAATCTGGCCAAATATCTGTCACTGACTATGTCCGGATAACAAGCACTGAA
EST: gi|21994166|gb|BQ785694.1|BQ785694
EST:     GTATTGAAGAAAGAATGCATTTGGTATGGGATATCATGGTG                         GAATCTGGCCAAATATCTGTCACTGACTATGTCCGGATAACAAGCACTGAA
genomic: GTATTGAAGAAAGAATGCATTTGGTATGGGATATCATGGTGgtaagatgtc ... tatgtcacagGAATCTGGCCAAATATCTGTCACTGACTATGTCCGGATAACAAGCACTGAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ggtgaacaggataaccttattgctagaacttatggtttatatatttatgtcacagGAATCTGGCCAAATATCTGTCACTGACTATGTCCGGATAACAAGCACTGAATG
        ggataac  putative branch site (score: 3)
                          aacttatggtttatat  TA-rich tract