1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...caacctcccagactaagatgttcaaggccactaaagtagagttatctatttaattccataccctatttaaaagcccctaaggtctatgttatgttgtcagGTGTGGGCATATGTGCTGCTGTACAACTTGTTCTTCACACTTGACCAATTGTCCTCTATGCCGGCGACAGATAGAGAAGGTTGTGAAGACTTTCCGTCAT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA02G16860.1 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATTTGTGTGTAATATGCCTTGAGCAGGAATATAATGCTGTTTTTGTTCC GTGTGGGCATATGTGCTGCTGTACAACTTGTTCTTCACATTTGACCAATTGEST: gi|192334195|gb|FK026576.1|FK026576
genomic: GATTTGTGTGTAATATGCCTTGAGCAGGAATATAATGCTGTTTTTGTTCCgtaagctatc ... atgttgtcagGTGTGGGCATATGTGCTGCTGTACAACTTGTTCTTCACACTTGACCAATTG
EST: GATTTGTGTGTAATATGCCTTGAGCAGGAATATAATGCTGTTTTTGTTCC GTGTGGGCATATGTGCTGCTGTACAACTTGTTCTTCACACTTGACCAATTGEST: gi|192323713|gb|FK016019.1|FK016019
genomic: GATTTGTGTGTAATATGCCTTGAGCAGGAATATAATGCTGTTTTTGTTCCgtaagctatc ... atgttgtcagGTGTGGGCATATGTGCTGCTGTACAACTTGTTCTTCACACTTGACCAATTG
EST: GATTTGTGTGTAATATGCCTTGAGCAGGAATATAATGCTGTTTTTGTTCC GTGTGGGCATATGTGCTGCTGTACAACTTGTTCTTCACATTTGACCAATTGEST: gi|18722937|gb|BM523427.1|BM523427
genomic: GATTTGTGTGTAATATGCCTTGAGCAGGAATATAATGCTGTTTTTGTTCCgtaagctatc ... atgttgtcagGTGTGGGCATATGTGCTGCTGTACAACTTGTTCTTCACACTTGACCAATTG
EST: GATTTGTGTGTAATATGCCTTGAGCAGGAATATAATGCTGTTTTTGTTCC GTGTGGGCATATGTGCTGCTGTACAACTTGTTCTTCACACTTGACCAATTG
genomic: GATTTGTGTGTAATATGCCTTGAGCAGGAATATAATGCTGTTTTTGTTCCgtaagctatc ... atgttgtcagGTGTGGGCATATGTGCTGCTGTACAACTTGTTCTTCACACTTGACCAATTG
ctatttaattccataccctatttaaaagcccctaaggtctatgttatgttgtcagGTGTGGGCATATGTGCTGCTGTACAACTTGTTCTTCACACTTGACCAATTGTCCTCTATGCCGGCGACAGATAGAGAAGGTTGTGAAGACTTTCCGTCAT
atttaat putative branch site (score: 4)
tatttaaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| caacctcccagactaagatgttcaaggccactaaagtagagttatctatttaattccataccctatttaaaagcccctaaggtctatgttatgttgtcagGTGTGGGCATATGTGCTGCTGTACAACTTGTTCTTCACACTTGACCAATTGTCCTCTATGCCGGCGACAGATAGAGAAGGTTGTGAAGACTTTCCGTCAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- -cctccca
- - - - - - - - - - - - - -ccactaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cccctaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtctatg