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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagggttaatctatactatactttgcattttctttgtgttgttattttttttacctatcaatgatgtcctgtgacttaattttctattatgttttagAAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCACCCCTGAGGAACGGCAAGCAATTGAACGT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA01G20670.1
intron # 10
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|254337504|gb|GR845181.1|GR845181
EST:     CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGG                         AAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
genomic: CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGGgtaagggtta ... tatgttttagAAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
EST: gi|31560965|gb|CD486803.1|CD486803
EST:     CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGG                         AAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
genomic: CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGGgtaagggtta ... tatgttttagAAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
EST: gi|254318902|gb|GR828738.1|GR828738
EST:     CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGG                         AAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
genomic: CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGGgtaagggtta ... tatgttttagAAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
EST: gi|5508981|gb|AI855539.1|AI855539
EST:     CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGG                         AAATATACTGNGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
genomic: CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGGgtaagggtta ... tatgttttagAAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
EST: gi|254337503|gb|GR845180.1|GR845180
EST:     CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGG                         AAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
genomic: CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGGgtaagggtta ... tatgttttagAAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
EST: gi|57575208|gb|CX548183.1|CX548183
EST:     CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGG                         AAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
genomic: CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGGgtaagggtta ... tatgttttagAAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
EST: gi|24135564|gb|BU926074.1|BU926074
EST:     CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGG                         AAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
genomic: CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGGgtaagggtta ... tatgttttagAAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
EST: gi|23731238|gb|BU763731.1|BU763731
EST:     CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGG                         AAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
genomic: CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGGgtaagggtta ... tatgttttagAAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
EST: gi|254343685|gb|GR857441.1|GR857441
EST:     CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGG                         AAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
genomic: CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGGgtaagggtta ... tatgttttagAAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
EST: gi|192311570|gb|FK003523.1|FK003523
EST:     CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGG                         AAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
genomic: CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGGgtaagggtta ... tatgttttagAAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
EST: gi|37997193|gb|CF808782.1|CF808782
EST:     CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGG                         AAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
genomic: CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGGgtaagggtta ... tatgttttagAAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
EST: gi|213614171|gb|DB976376.1|DB976376
EST:     CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGG                         AAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
genomic: CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGGgtaagggtta ... tatgttttagAAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
EST: gi|207713398|gb|GD696767.1|GD696767
EST:     CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGG                         AAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
genomic: CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGGgtaagggtta ... tatgttttagAAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
EST: gi|9899622|gb|BE608590.1|BE608590
EST:     CGTTGAAGGGGGTGAGGG                         AAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
genomic: CGTTGAAGGGGGTGAGGGgtaagggtta ... tatgttttagAAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
EST: gi|151395622|gb|EV265499.1|EV265499
EST:     CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGG-TGAGGG                         AAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
genomic: CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGGgtaagggtta ... tatgttttagAAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
EST: gi|192311571|gb|FK003524.1|FK003524
EST:     CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGG                         AAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
genomic: CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGGgtaagggtta ... tatgttttagAAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
EST: gi|7146671|gb|AW508593.1|AW508593
EST:     CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGG                         AAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
genomic: CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGGgtaagggtta ... tatgttttagAAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
EST: gi|213596275|gb|DB981835.1|DB981835
EST:     CAAGTTGACTTGCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGG                         AAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
genomic: CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGGgtaagggtta ... tatgttttagAAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
EST: gi|254343686|gb|GR857442.1|GR857442
EST:     CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGG                         AAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
genomic: CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGGgtaagggtta ... tatgttttagAAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
EST: gi|31305618|gb|CD390821.1|CD390821
EST:     CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGG                         AAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC
genomic: CAAGTTGACTTCCTTCGCCTAATTAATGAACCCGTTGAAGGGGGTGAGGGgtaagggtta ... tatgttttagAAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tattttttttacctatcaatgatgtcctgtgacttaattttctattatgttttagAAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCACCCCTGAGGAACGGCAAGCAATTGAACGT
                               acttaat  putative branch site (score: 4)
                                     ttttctatt  CT-rich tract
                               acttaattttctatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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gtaagggttaatctatactatactttgcattttctttgtgttgttattttttttacctatcaatgatgtcctgtgacttaattttctattatgttttagAAATATACTGGGACAGCTAGCTAGTGCCATGCCGCAAGCAGTGACAGTCACCCCTGAGGAACGGCAAGCAATTGAACGT

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