1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
gtaagaaaatgtaactgatatatatatatatatatatatatatatatatagcaaaaagagcttaaatttattgtaaatgtttacaaattgttataccctttaattgtaattaagattttgcttacttactccaatgcagGAAGCTGTGAACGTATCACTTGGTAACCTATTAACATATCCATTTGTTAGAGATGGAGTTGTTAACAAAACTCTGGCTTTGAAAGGAGCACATTATGATT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA01G03720.2 |
intron # | 10 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CAGGACCAAGTGACTTAAGTTTCTCAGAGCAATGTACTAACTGTGAGAAG GAAGCTGTGAACGTATCACTTGGTAACCTATTAACATATCCATTTGCTAGAEST: gi|12688737|gb|BG155073.1|BG155073
genomic: CAGGACCAAGTGACTTAAGTTTCTCAGAGCAATGTACTAACTGTGAGAAGgtaagaaaat ... tccaatgcagGAAGCTGTGAACGTATCACTTGGTAACCTATTAACATATCCATTTGTTAGA
EST: CAGGACCAAGTGACTTAAGTTTCTCAGAGCAATGTACTAACTGTGAGAAG GAAGCTG-GAACGTATCACTTGGTAACCTATTAACATATCCATTTGTTAGAEST: gi|12689205|gb|BG155541.1|BG155541
genomic: CAGGACCAAGTGACTTAAGTTTCTCAGAGCAATGTACTAACTGTGAGAAGgtaagaaaat ... tccaatgcagGAAGCTGTGAACGTATCACTTGGTAACCTATTAACATATCCATTTGTTAGA
EST: CAGGACCAAGTGACTTAAGTTTCTCAGAGCAATGTACTAACTGTGAGAAG GAAGCTGTGAACGTATCACTTGGTAACCTATTAACATATCCATTTGTTAGAEST: gi|16995716|gb|BM085088.1|BM085088
genomic: CAGGACCAAGTGACTTAAGTTTCTCAGAGCAATGTACTAACTGTGAGAAGgtaagaaaat ... tccaatgcagGAAGCTGTGAACGTATCACTTGGTAACCTATTAACATATCCATTTGTTAGA
EST: CAGGACCAAGTGACTTAAGTTTCTCAGAGCAATGTACTAACTGTGAGAAG GAAGCTGTGAACGTATCACTTGGTAACCTATTAACATATCCA
genomic: CAGGACCAAGTGACTTAAGTTTCTCAGAGCAATGTACTAACTGTGAGAAGgtaagaaaat ... tccaatgcagGAAGCTGTGAACGTATCACTTGGTAACCTATTAACATATCCA
aaattgttataccctttaattgtaattaagattttgcttacttactccaatgcagGAAGCTGTGAACGTATCACTTGGTAACCTATTAACATATCCATTTGTTAGAGATGGAGTTGTTAACAAAACTCTGGCTTTGAAAGGAGCACATTATGATT
tacttac putative branch site (score: 1)
cttactcc CT-rich tract
tttaattgtaattaag TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaagaaaatgtaactgatatatatatatatatatatatatatatatatagcaaaaagagcttaaatttattgtaaatgtttacaaattgttataccctttaattgtaattaagattttgcttacttactccaatgcagGAAGCTGTGAACGTATCACTTGGTAACCTATTAACATATCCATTTGTTAGAGATGGAGTTGTTAACAAAACTCTGGCTTTGAAAGGAGCACATTATGATT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA