Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtatgaatgtgattatgactatgaggcattgttttgtttgtgatgactataacatgaggctctatttgatgatgtgttctttctgtttgtttattagGTGAAACCAAAGGGTGTGACAATGACGGCTATTTTGGCTAAGGCTGCTGCAATGGCACTTGTTCAGCACCCGGTTGTCAATGCCACCTGCAAAGACGGCA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G24830.2
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G24830.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv01s0011g03380.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
-------------------gtat-gaatgtgattatgactatgaggcattgttttgtttgtgatgactataacatgaggctctatttgatgatgtgttctttctgtttgtttattagGTGAAACCAAAGGGTGTGACAATGACGGCTATTTTGGCTAAGGCTGCTGCAATGGCACTTGTTCAGCACCCGGTTGTCAATGCCACCTGCAAAGACGGCA
                    ||| ||||  | || |||  |   |  | | | |||  | ||||  || |     ||  ||    ||  |||       || ||   |   | | ||||||||||||||||||| || ||||| ||| | || || ||||| || || |||||||||| ||||||||| ||||| ||||| |  || ||||| || |
gtacatttactgcactcttttattgaattagtttgtgagga-atgtaagtctattgggtctgatttctgtgga--gaaactaggcttattga-actcaattgcttcctacatttcagGTGAAACCAAAGGGTGTAACCATGACTGCTTTGTTAGCAAAGGCAGCAGCTATGGCACTTGCTCAGCACCCAGTTGTTAATGCAAGTTGTAAAGATGGGA
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|6069878|gb|AW099474.1|AW099474
EST:     GGGTGGGGTACCCTGTGACTACTGATGCGTTGGATGCCCTGTATGAGAAG                         GTGAAACCAAAGGGTGTGACAATGACGGCTATTTTGGCTAAGGCTGCTGCA
genomic: GGGTGGGGTACCCTGTGACTACTGATGCGTTGGATGCCCTGTATGAGAAGgtatgaatgt ... tgtttattagGTGAAACCAAAGGGTGTGACAATGACGGCTATTTTGGCTAAGGCTGCTGCA
EST: gi|7926430|gb|AW832456.1|AW832456
EST:     GGGTGGGGTACCCTGTGACTACTGATGCGTTGGATGCCCTGTATGAGAAG                         GTGAAACCAAAGGGTGTGACAATGACGGCTATTTTGGCTAAGGCTGCTGCA
genomic: GGGTGGGGTACCCTGTGACTACTGATGCGTTGGATGCCCTGTATGAGAAGgtatgaatgt ... tgtttattagGTGAAACCAAAGGGTGTGACAATGACGGCTATTTTGGCTAAGGCTGCTGCA
EST: gi|19053677|gb|BM732344.1|BM732344
EST:     GGGTGGGGTACCCTGTGACTACTGATGCGTTGGATGCCCTGTATGAGAAG                         GTGAAACCAAAGGGTGTGACAATGACGGCTATTTTGGCTAAGGCTGCTGCA
genomic: GGGTGGGGTACCCTGTGACTACTGATGCGTTGGATGCCCTGTATGAGAAGgtatgaatgt ... tgtttattagGTGAAACCAAAGGGTGTGACAATGACGGCTATTTTGGCTAAGGCTGCTGCA
EST: gi|15664259|gb|BI701630.1|BI701630
EST:     GGGTGGGGTACCCTGTGACTACTGATGCGTTGGATGCCCTGTATGAGAAG                         GTGAAACCAAAGGGTGTGACAATGACGGCTATTTTGGCTAAGGCTGCTGCA
genomic: GGGTGGGGTACCCTGTGACTACTGATGCGTTGGATGCCCTGTATGAGAAGgtatgaatgt ... tgtttattagGTGAAACCAAAGGGTGTGACAATGACGGCTATTTTGGCTAAGGCTGCTGCA
EST: gi|22525077|gb|BU083888.1|BU083888
EST:     GGGTGGGGTACCCTGTGACTACTGATGCGTTGGATGCCCTGTATGAGAAG                         GTGAAACCAAAGGGTGTGACAATGACGGCTATTTTGGCTAAGGCTGCTGCA
genomic: GGGTGGGGTACCCTGTGACTACTGATGCGTTGGATGCCCTGTATGAGAAGgtatgaatgt ... tgtttattagGTGAAACCAAAGGGTGTGACAATGACGGCTATTTTGGCTAAGGCTGCTGCA
EST: gi|8282860|gb|BE020421.1|BE020421
EST:     GGGTGGGGTACCCTGTGACTACTGATGCGTTGGATGCCCTGTATGAGAAG                         GTGAAACCAAAGGGTGTGACAATGACGGCTATTTTGGCTAAGGCTGCTGCA
genomic: GGGTGGGGTACCCTGTGACTACTGATGCGTTGGATGCCCTGTATGAGAAGgtatgaatgt ... tgtttattagGTGAAACCAAAGGGTGTGACAATGACGGCTATTTTGGCTAAGGCTGCTGCA
EST: gi|7478035|gb|AW666112.1|AW666112
EST:     GGGTGGGGTACCCTGTGACTACTGATGCGTTGGATGCCCTGTATGAGAAG                         GTGAAACCAAAGGGTGTGACAATGACGGCTATTTTGGCTAAGGCTGCTGCA
genomic: GGGTGGGGTACCCTGTGACTACTGATGCGTTGGATGCCCTGTATGAGAAGgtatgaatgt ... tgtttattagGTGAAACCAAAGGGTGTGACAATGACGGCTATTTTGGCTAAGGCTGCTGCA
EST: gi|8283121|gb|BE020682.1|BE020682
EST:     GGGTGGGGTACCCTGTGACTACTGATGCGTTGGATGCCCTGTATGAGAAG                         GTGAAACCAAAGGGTGTGACAATGACGGCTATTTTGGCTAAGGCTGCTGCA
genomic: GGGTGGGGTACCCTGTGACTACTGATGCGTTGGATGCCCTGTATGAGAAGgtatgaatgt ... tgtttattagGTGAAACCAAAGGGTGTGACAATGACGGCTATTTTGGCTAAGGCTGCTGCA
EST: gi|208064294|gb|GD866676.1|GD866676
EST:     GGGTGGGGTACCCTGTGACTACTGATGCGTTGGATGCCCTGTATGAGAAG                         GTGAAACCAAAGGGTGTGACAATGACGGCTATTTTGGCTAAGGCTGCTGCA
genomic: GGGTGGGGTACCCTGTGACTACTGATGCGTTGGATGCCCTGTATGAGAAGgtatgaatgt ... tgtttattagGTGAAACCAAAGGGTGTGACAATGACGGCTATTTTGGCTAAGGCTGCTGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atgactataacatgaggctctatttgatgatgtgttctttctgtttgtttattagGTGAAACCAAAGGGTGTGACAATGACGGCTATTTTGGCTAAGGCTGCTGCAATGGCACTTGTTCAGCACCCGGTTGTCAATGCCACCTGCAAAGACGGCA
                                  ttctttctgtttgttt  CT-rich tract
                                           tttgtttatta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtatgaatgtgattatgactatgaggcattgttttgtttgtgatgactataacatgaggctctatttgatgatgtgttctttctgtttgtttattagGTGAAACCAAAGGGTGTGACAATGACGGCTATTTTGGCTAAGGCTGCTGCAATGGCACTTGTTCAGCACCCGGTTGTCAATGCCACCTGCAAAGACGGCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCAAAG