Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttaatgtgaaagccaattatgtgatttaccaaatgctacttctgtatctttagtttcgctgacaagttgtagGCATACAATGTGCGCATGTGATTGCAATGGCAATGACTGTTCAAAAGCTTTACCCTGATGCAAAAGTCACAATTGGGGCTTGGATTGAAAATGG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA20G13740.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA20G13740.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv12s0057g00400.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
gttaatgtgaaagccaattatgt--gatttaccaaatgctactt--ctgtatctttagtttcgc-----tgacaagttgtagGCATACA-ATGTGCGCA---TGTGATTGCAATGGCAATGACTGTTCAAAAGCTTTACCCTGATGCAAAAGTCACAATTGGGGCTTGGATTGAAAATGG--------------------
 | ||| |    ||  ||   ||  | | |  || |   |  ||  |||||     |  ||| |     | ||  ||| || |  || | |||    ||   ||    || |||||| ||| ||||||| ||||| | ||| ||||||||||| ||||||||  | ||||| ||||||||                    
ttgaatattggtgcatatatggtcggttctgtcacagtttttttggctgtactaccaacttcacaaaattcacttgttttatgtttatacatgaatacagTGTGCACATGTAATGGCTATGGCTGTTCAGAAGCTCTTCCCGGATGCAAAAGTGACAATTGGTCCATGGATAGAAAATGGGTTTTATTATGATTTTGATA


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatgtgatttaccaaatgctacttctgtatctttagtttcgctgacaagttgtagGCATACAATGTGCGCATGTGATTGCAATGGCAATGACTGTTCAAAAGCTTTACCCTGATGCAAAAGTCACAATTGGGGCTTGGATTGAAAATGG
                                       cgctgac  putative branch site (score: 3)
                           tatcttta  TA-rich tract