1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtatgtgatatgtataaacaaacccttttgttgtacttttctattgaaaaaatatatatataccttgctagctacaaatataaaaccagtttgcttgaatttcaatgggaaacagtgggttgtgttttctcacaaagttgcatttttgctgttggtggtgtagAATGGTCATGTTGGATTCATGCTATCTTGCTATGATGCTGAACTTAGCTATGATCCGCGAACTGATACCTTTCAAGCCAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G08260.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTCTTGAGTCTGGCAATTTTTGGTTCCCTGCTCAAGTCTATAACCGTGAG AATGGTCATGTTGGATTCATGCTEST: gi|13478093|gb|BG507711.1|BG507711
genomic: CTCTTGAGTCTGGCAATTTTTGGTTCCCTGCTCAAGTCTATAACCGTGAGgtatgtgata ... ggtggtgtagAATGGTCATGTTGGATTCATGCT
EST: CTCTTGAGTCTGGCAATTTTTGGTTCCCTGCTCAAGTCTATAACCGTGAG AATGGTCATGTTGGATTCATGCTATCTTGCTATGATGCTGAACTTAGCTATEST: gi|13481894|gb|BG511237.1|BG511237
genomic: CTCTTGAGTCTGGCAATTTTTGGTTCCCTGCTCAAGTCTATAACCGTGAGgtatgtgata ... ggtggtgtagAATGGTCATGTTGGATTCATGCTATCTTGCTATGATGCTGAACTTAGCTAT
EST: GTTCCCTGCTCAAGTCTATAACCGTGAG AATGGTCATGTTGGATTCATGCTATCTTGCTATGATGCTGAACTTAGCTAT
genomic: GTTCCCTGCTCAAGTCTATAACCGTGAGgtatgtgata ... ggtggtgtagAATGGTCATGTTGGATTCATGCTATCTTGCTATGATGCTGAACTTAGCTAT
gaaacagtgggttgtgttttctcacaaagttgcatttttgctgttggtggtgtagAATGGTCATGTTGGATTCATGCTATCTTGCTATGATGCTGAACTTAGCTATGATCCGCGAACTGATACCTTTCAAGCCAG
ttctcac putative branch site (score: 2)
attttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtgatatgtataaacaaacccttttgttgtacttttctattgaaaaaatatatatataccttgctagctacaaatataaaaccagtttgcttgaatttcaatgggaaacagtgggttgtgttttctcacaaagttgcatttttgctgttggtggtgtagAATGGTCATGTTGGATTCATGCTATCTTGCTATGATGCTGAACTTAGCTATGATCCGCGAACTGATACCTTTCAAGCCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG