1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...aatgtaccagcaaagcttcaatttcctgttgtgacttgtgagttttcttggtaattaactttggagctgtgatgtactgattcgggtgtccatttttcagATGGCTCTCCCAAGCACCAAGATGCCTGTGGTGTTTTACTCCATGGTGTTGCTGATCATCAACAATTGCATTGAAGCAGTTTCGGTGAGAGGAGATTATC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA20G03620.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTCAATAGTGCTTAAATCAAAGCCTGGGTCAACTTCTCCTTTTACGATTG ATGGCTCTCCCAAGCACCAAGATGCCTGTGGTGTTTTACTCCATGGTGTTGEST: gi|208101987|gb|GD897288.1|GD897288
genomic: CTCAATAGTGCTTAAATCAAAGCCTCGGTCAACTTCTCCTTTTACGATTGgtcagttttt ... catttttcagATGGCTCTCCCAAGCACCAAGATGCCTGTGGTGTTTTACTCCATGGTGTTG
EST: CTCAATAGTGCTTAAATCAAAGCCTCGGTCAACTTCTCCTTTTACGATTG ATGGCTCTCCCAAGCACCAAGATGCCTGTGGTGTTTTACTCCATGGTGTTGEST: gi|207840025|gb|GD810554.1|GD810554
genomic: CTCAATAGTGCTTAAATCAAAGCCTCGGTCAACTTCTCCTTTTACGATTGgtcagttttt ... catttttcagATGGCTCTCCCAAGCACCAAGATGCCTGTGGTGTTTTACTCCATGGTGTTG
EST: CTCAATAGTGCTTAAATCAAAGCCTCGGTCAACTTCTCCGTTTACGATTG ATGGCTCTCCCAAGCACCAAGATGCCTGTGGTGTTTTACTCCATGGTGTTGEST: gi|193489382|gb|FK455357.1|FK455357
genomic: CTCAATAGTGCTTAAATCAAAGCCTCGGTCAACTTCTCCTTTTACGATTGgtcagttttt ... catttttcagATGGCTCTCCCAAGCACCAAGATGCCTGTGGTGTTTTACTCCATGGTGTTG
EST: CTCAATAGTGCTTAAATCAAAGCCTCGGTCAACTTCTCCTTTTACGATTG ATGGCTCTCCCAAGCACCAAGATGCCTGTGGTGTTTTACTCCACGGTGTTGEST: gi|193721645|gb|FK661685.1|FK661685
genomic: CTCAATAGTGCTTAAATCAAAGCCTCGGTCAACTTCTCCTTTTACGATTGgtcagttttt ... catttttcagATGGCTCTCCCAAGCACCAAGATGCCTGTGGTGTTTTACTCCATGGTGTTG
EST: CTCAATAGTGCTTAAATCAAAGCCTCGGTCAACTTCTCCTTTTACGATTG ATGGCTCTCCCAAGCACCAAGATGCCTGTGGTGTTTTACTCCATGGTGTTG
genomic: CTCAATAGTGCTTAAATCAAAGCCTCGGTCAACTTCTCCTTTTACGATTGgtcagttttt ... catttttcagATGGCTCTCCCAAGCACCAAGATGCCTGTGGTGTTTTACTCCATGGTGTTG
tcttggtaattaactttggagctgtgatgtactgattcgggtgtccatttttcagATGGCTCTCCCAAGCACCAAGATGCCTGTGGTGTTTTACTCCATGGTGTTGCTGATCATCAACAATTGCATTGAAGCAGTTTCGGTGAGAGGAGATTATC
tactgat putative branch site (score: 2)
tccatttttc putative PPT
taattaacttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aatgtaccagcaaagcttcaatttcctgttgtgacttgtgagttttcttggtaattaactttggagctgtgatgtactgattcgggtgtccatttttcagATGGCTCTCCCAAGCACCAAGATGCCTGTGGTGTTTTACTCCATGGTGTTGCTGATCATCAACAATTGCATTGAAGCAGTTTCGGTGAGAGGAGATTATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - -accagca
- - - - - - -agcttca
- - - - - - - - - - - - cctgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - -acttgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggagctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctgattc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gggtgtc