Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequencegtaagtgaactcacttactcacgtgttgtgtgttgtttgttaattgttactgttatgtggtttcctttgatgattgtttggactttgtgggttagtgatgttggtacttgtgttctgtagGATGGGGAAGAGGAAATTGAATGAAAGTGATAGTGATTATAGTGATGATTCTGATGAAGAGGGGGAGATGGAGAAATCGGAATTGTTGAATGGCCCGAAT
Basic information
species | Glycine max |
transcript | GLYMA19G44460.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Mapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|193357902|gb|FK321070.1|FK321070EST: CGCAAGAGCCCTTCACAACCCCACCATGATGCTAAGAAGTTGAAAATATG GATGGGGAAGAGGAAATTGAATGAAAGTGATAGTGATTATAGTGATGATTC
genomic: CGCAAGAGCCCTTCACAACCCCACCATGATGCTAAGAAGTTGAAAATATGgtaagtgaac ... tgttctgtagGATGGGGAAGAGGAAATTGAATGAAAGTGATAGTGATTATAGTGATGATTC
EST:
gi|207762203|gb|GD731118.1|GD731118EST: CGCAAGAGCCCTTCACAACCCCACCATGATGCTAAGAAGTTGAAAATATG GATGGGGAAGAGGAAATT
genomic: CGCAAGAGCCCTTCACAACCCCACCATGATGCTAAGAAGTTGAAAATATGgtaagtgaac ... tgttctgtagGATGGGGAAGAGGAAATT
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.tttgatgattgtttggactttgtgggttagtgatgttggtacttgtgttctgtagGATGGGGAAGAGGAAATTGAATGAAAGTGATAGTGATTATAGTGATGATTCTGATGAAGAGGGGGAGATGGAGAAATCGGAATTGTTGAATGGCCCGAAT
ctttgat putative branch site (score: 5)
attgttt TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gtaagtgaactcacttactcacgtgttgtgtgttgtttgttaattgttactgttatgtggtttcctttgatgattgtttggactttgtgggttagtgatgttggtacttgtgttctgtagGATGGGGAAGAGGAAATTGAATGAAAGTGATAGTGATTATAGTGATGATTCTGATGAAGAGGGGGAGATGGAGAAATCGGAATTGTTGAATGGCCCGAAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAA