Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tttcctgttttggcttccatttcgattaatttcaattttatttcaccataatattccaacaattttttctcttctgattttgtgctattattaattccagGAGGTAAGTGATTGGGTTTTAAGCTGTTAAAATAGCAAGGAAGGTGCAAAATGGCTTCAGTTGGTGTGGCACCAACATCATCAGGCTTGAGAGAATCCAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA19G41420.3
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|213616919|gb|DB959231.1|DB959231
EST:     AATCCTCCTTCCTTTTCCTTTACTTTTTCTTACATACATTCATGCCAAAG                         GAGGTAAGTGATTGGGTTTTAAGCTGTTAAAATAGCAAGGAAGGTGCAAAA
genomic: AATCCTCCTTCCTTTTCCTTTACTTTTTCTTACATACATTCATGCCAAAGgtacgttctc ... ttaattccagGAGGTAAGTGATTGGGTTTTAAGCTGTTAAAATAGCAAGGAAGGTGCAAAA
EST: gi|208141784|gb|GD939556.1|GD939556
EST:     AATCCTCCTTCCTTTTCCTTTACTTTTTCTTACATACATTCATGCCAAAG                         GAGGTAAGTGATTGGGTTTTAAGCTGTTAAAATAGCAAGGAAGGTGCAAAA
genomic: AATCCTCCTTCCTTTTCCTTTACTTTTTCTTACATACATTCATGCCAAAGgtacgttctc ... ttaattccagGAGGTAAGTGATTGGGTTTTAAGCTGTTAAAATAGCAAGGAAGGTGCAAAA
EST: gi|208110039|gb|GD904509.1|GD904509
EST:     AATCCTCCTTCCTTTTCCTTTACTTTTTCTTACATACATTCATGCCAAAG                         GAGGTAAGCGATTGGGTTCTAAGCTGTTAAAATAGCAAGGAAGGTGCAAAA
genomic: AATCCTCCTTCCTTTTCCTTTACTTTTTCTTACATACATTCATGCCAAAGgtacgttctc ... ttaattccagGAGGTAAGTGATTGGGTTTTAAGCTGTTAAAATAGCAAGGAAGGTGCAAAA
EST: gi|254328746|gb|GR833118.1|GR833118
EST:     AATCCTCCTTCCTTTTCCTTTACTTTTTCTTACATACATTCATGCCAAAG                         GAGGTAAGTGATTGGGTTTTAAGCTGTTAAAATAGCAAGGAAGGTGCAAAA
genomic: AATCCTCCTTCCTTTTCCTTTACTTTTTCTTACATACATTCATGCCAAAGgtacgttctc ... ttaattccagGAGGTAAGTGATTGGGTTTTAAGCTGTTAAAATAGCAAGGAAGGTGCAAAA
EST: gi|27809424|gb|CB063846.1|CB063846
EST:     AATCCTCCTTCCTTTTCCTTTACTTTTTCTTACATACATTCATGCCAAAG                         GAGGTAAGTGATTGGGTTTTAAGCTGTTAAAATAGCAAGGAAGGTGCAAAA
genomic: AATCCTCCTTCCTTTTCCTTTACTTTTTCTTACATACATTCATGCCAAAGgtacgttctc ... ttaattccagGAGGTAAGTGATTGGGTTTTAAGCTGTTAAAATAGCAAGGAAGGTGCAAAA
EST: gi|209725616|gb|BW663105.1|BW663105
EST:     AATCCTCCTTCCTTTTCCTTTACTTTTTCTTACATACATTCATGCCAAAG                         GAGGTAAGTGATTGGGTTTTAAGCTGTTAAAATAGCAAGGAAGGTGCAAAA
genomic: AATCCTCCTTCCTTTTCCTTTACTTTTTCTTACATACATTCATGCCAAAGgtacgttctc ... ttaattccagGAGGTAAGTGATTGGGTTTTAAGCTGTTAAAATAGCAAGGAAGGTGCAAAA
EST: gi|6913877|gb|AW395407.1|AW395407
EST:     TTTTCCTTTACTTTTTCTTACATACATTCATGCCAAAG                         GAGGTAAGTGATTGGGTTTTAAGCTGTTAAAATAGCAAGGAAGGTGCAAAA
genomic: TTTTCCTTTACTTTTTCTTACATACATTCATGCCAAAGgtacgttctc ... ttaattccagGAGGTAAGTGATTGGGTTTTAAGCTGTTAAAATAGCAAGGAAGGTGCAAAA
EST: gi|213591319|gb|DB973808.1|DB973808
EST:     AATCCTCCTTCCTTTTCCTTTACTTTTTCTTACATACATTCATGCCAAAG                         GAGGTAAGTGATTGGGTTTTAAGCTGTTAAAATAGCAAGGAAGGTGCAAAA
genomic: AATCCTCCTTCCTTTTCCTTTACTTTTTCTTACATACATTCATGCCAAAGgtacgttctc ... ttaattccagGAGGTAAGTGATTGGGTTTTAAGCTGTTAAAATAGCAAGGAAGGTGCAAAA
EST: gi|298165875|gb|HO008846.1|HO008846
EST:     AATCCTCCTTCCTTTTCCTTTACTTTTTCTTACATACATTCATGCCAAAG                         GAGGTAAGTGATTGGGTTTTAAGCTGTTAAAATAGCAAGGAAGGTGCAAAA
genomic: AATCCTCCTTCCTTTTCCTTTACTTTTTCTTACATACATTCATGCCAAAGgtacgttctc ... ttaattccagGAGGTAAGTGATTGGGTTTTAAGCTGTTAAAATAGCAAGGAAGGTGCAAAA
EST: gi|208285521|gb|GE082457.1|GE082457
EST:     ACATACATTCATGCCAAAG                         GAGGTAAGTGATTGGGTTTTAAGCTGTTAAAATAGCAAGGAAGGTGCAAAA
genomic: ACATACATTCATGCCAAAGgtacgttctc ... ttaattccagGAGGTAAGTGATTGGGTTTTAAGCTGTTAAAATAGCAAGGAAGGTGCAAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ccataatattccaacaattttttctcttctgattttgtgctattattaattccagGAGGTAAGTGATTGGGTTTTAAGCTGTTAAAATAGCAAGGAAGGTGCAAAATGGCTTCAGTTGGTGTGGCACCAACATCATCAGGCTTGAGAGAATCCAG
                                           tattaat  putative branch site (score: 2)
                                     tgctattattaatt  TA-rich tract