Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ggtgcagaggcaaaaattaatctttttgtgctgttagtttttgtacatgtgggtaattgtcggtcaccatgcttccatctgaatttggtcatcattttcaGGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAAGAAAATTGTGTTTTCTTCCTTCCACATCGTCCAAGGAGCCGAATTACTGAACCTCCATTTTTC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G52090.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA18G52090.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv01s0146g00020.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
ggtgcagaggcaaaaattaatctttttgtgctgttagtttttgtacatgtg---ggtaattgtcggtcaccatgcttcc--atctgaatttggtcatcattttcaGGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAAGAAAATTGTGTTTTCTTCCTTCCACATCGTCCAAGGAGCCGAATTACTGAACCTCCATTTTTC-
  | ||   | |  ||   || ||||| || | | | || ||| | || |    |  |||| |   |      |||||    |||  ||     |||  | | ||||||||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| ||  | ||||||  ||||||||| || ||  
--ttcatttgaagcaaagtatttttttttgtt-taacttcttggatatttacaagtaaattatttatttttgagcttctttgtctcgatcc---catgttgtacagGTGCAAGCACATGGATCAGATGCAATGGTTGATGAGGAAAATTGTGTTTTCTTCTTACCACATCGTCCGAGAGGTCGAATTTGTGAACCTCCCTTCTTTC
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|193453351|gb|FK417223.1|FK417223
EST:     GATATTGCAATTGAATGCCTTGCTACAGAGTTCAAGCGAGAGATATATGT                         GGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAAGAAAATTGTGTTTT
genomic: GATATTGCAATTGAATGCCTTGCTACAGAGTTCAAGCGAGAGATATATGTggtaagtaac ... atcattttcaGGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAAGAAAATTGTGTTTT
EST: gi|151407185|gb|EV277000.1|EV277000
EST:     CCTTGCTACAGAGTTCAAGCGAGAGATATATGT                         GGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAAGAAAATTGTGTTTT
genomic: CCTTGCTACAGAGTTCAAGCGAGAGATATATGTggtaagtaac ... atcattttcaGGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAAGAAAATTGTGTTTT
EST: gi|193514834|gb|FK469680.1|FK469680
EST:     GATATTGCAATTGAATGCCTTGCTACAGAGTTCAAGCGAGAGATATATGT                         GGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAAGAAAATTGTGTTTT
genomic: GATATTGCAATTGAATGCCTTGCTACAGAGTTCAAGCGAGAGATATATGTggtaagtaac ... atcattttcaGGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAAGAAAATTGTGTTTT
EST: gi|193512627|gb|FK466381.1|FK466381
EST:     GATATTGCAATTGAATGCCTTGCTACAGAGTTCAAGCGAGAGATATATGT                         GGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAAGAAAATTGTGTTTT
genomic: GATATTGCAATTGAATGCCTTGCTACAGAGTTCAAGCGAGAGATATATGTggtaagtaac ... atcattttcaGGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAAGAAAATTGTGTTTT
EST: gi|207817370|gb|GD788897.1|GD788897
EST:     GATATTGCAATTGAATGCCTTGCTACAGAGTTCAAGCGAGAGATATATGT                         GGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGAATAGAAAGAAAATTGTGT
genomic: GATATTGCAATTGAATGCCTTGCTACAGAGTTCAAGCGAGAGATATATGTggtaagtaac ... atcattttcaGGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGA-T-GAA-GAAAATTGTGT
EST: gi|207824930|gb|GD796824.1|GD796824
EST:     GATATTGCAATTGAATGCCTTGCTACAGAGTTCAAGCGAGAGATATATGT                         GGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAA
genomic: GATATTGCAATTGAATGCCTTGCTACAGAGTTCAAGCGAGAGATATATGTggtaagtaac ... atcattttcaGGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAA
EST: gi|58019160|gb|CX705902.1|CX705902
EST:     GATATTGCAATTGAATGCCTTGCTACAGAGTTCAAGCGAGAGATATATGT                         GGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAAGAAAATTGTGTTTT
genomic: GATATTGCAATTGAATGCCTTGCTACAGAGTTCAAGCGAGAGATATATGTggtaagtaac ... atcattttcaGGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAAGAAAATTGTGTTTT
EST: gi|193386702|gb|FK349935.1|FK349935
EST:     GATATTGCAATTGAATGCCTTGCTACGGAGTTCAAGAGAGAGATATATGT                         GGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAAGAAA-TTGTGTTT-
genomic: GATATTGCAATTGAATGCCTTGCTACAGAGTTCAAGCGAGAGATATATGTggtaagtaac ... atcattttcaGGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAAGAAAATTGTGTTTT
EST: gi|208145042|gb|GD940833.1|GD940833
EST:     GATATTGCAATTGAATGCCTTGCTACAGAGTTCAAGCGAGAGATATATGT                         GGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCGTGGTCGATGAAGAAAATTGTGTTTT
genomic: GATATTGCAATTGAATGCCTTGCTACAGAGTTCAAGCGAGAGATATATGTggtaagtaac ... atcattttcaGGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAAGAAAATTGTGTTTT
EST: gi|193564219|gb|FK516716.1|FK516716
EST:     GATATTGCAATTGAATGCCTTGCTACAGAGTTCAAGCGAGAGATATATGT                         GGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAAGAAAATTGTGTTTT
genomic: GATATTGCAATTGAATGCCTTGCTACAGAGTTCAAGCGAGAGATATATGTggtaagtaac ... atcattttcaGGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAAGAAAATTGTGTTTT
EST: gi|19052982|gb|BM731649.1|BM731649
EST:     GATATTGCAATTGAATGCCTTGCTACAGAGTTCAAGCGAGAGATATATGT                         GGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAAGAAAATTGTGTTTT
genomic: GATATTGCAATTGAATGCCTTGCTACAGAGTTCAAGCGAGAGATATATGTggtaagtaac ... atcattttcaGGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAAGAAAATTGTGTTTT
EST: gi|10233254|gb|BE802142.1|BE802142
EST:     AGCGAGAGATATATGT                         GGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAAGAAAATTGTGTTTT
genomic: AGCGAGAGATATATGTggtaagtaac ... atcattttcaGGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAAGAAAATTGTGTTTT
EST: gi|208169427|gb|GD969642.1|GD969642
EST:     GATATTGCAATTGAATGCCTTGCTACAGAGTTCAAGCGAGAGATATATGT                         GGTGCAAGCACATGGTTCNGNTGCCATGG
genomic: GATATTGCAATTGAATGCCTTGCTACAGAGTTCAAGCGAGAGATATATGTggtaagtaac ... atcattttcaGGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGG
EST: gi|193307578|gb|FK270620.1|FK270620
EST:     GATATTGCAATTGAATGCCTTGCTACGGAGTTCAAGAGAGAGATATATGT                         GGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAAGAAAATTGTGTTTT
genomic: GATATTGCAATTGAATGCCTTGCTACAGAGTTCAAGCGAGAGATATATGTggtaagtaac ... atcattttcaGGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAAGAAAATTGTGTTTT
EST: gi|193670830|gb|FK609144.1|FK609144
EST:     GATATTGCAATTGAATGCCTTGCTACAGAGTTCAAGCGAGAGATATATGT                         GGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAAGAAAATTGTGTTTT
genomic: GATATTGCAATTGAATGCCTTGCTACAGAGTTCAAGCGAGAGATATATGTggtaagtaac ... atcattttcaGGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAAGAAAATTGTGTTTT
EST: gi|193649694|gb|FK595375.1|FK595375
EST:     AGTTCAAGCGAGAGATATATGC                         GGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAAGAAAATTGTGTTTT
genomic: AGTTCAAGCGAGAGATATATGTggtaagtaac ... atcattttcaGGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAAGAAAATTGTGTTTT
EST: gi|193314388|gb|FK280147.1|FK280147
EST:     GATATTGCAATTGAATGCCTTGCTACAGAGTTCAAGCGAGAGATATATGT                         GGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATG
genomic: GATATTGCAATTGAATGCCTTGCTACAGAGTTCAAGCGAGAGATATATGTggtaagtaac ... atcattttcaGGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

catgtgggtaattgtcggtcaccatgcttccatctgaatttggtcatcattttcaGGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAAGAAAATTGTGTTTTCTTCCTTCCACATCGTCCAAGGAGCCGAATTACTGAACCTCCATTTTTC
                                              tcattttc  CT-rich tract
                                             atcatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ggtgcagaggcaaaaattaatctttttgtgctgttagtttttgtacatgtgggtaattgtcggtcaccatgcttccatctgaatttggtcatcattttcaGGTGCAAGCACATGGTTCAGATGCCATGGTCGATGAAGAAAATTGTGTTTTCTTCCTTCCACATCGTCCAAGGAGCCGAATTACTGAACCTCCATTTTTC

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAG
ggtgcag
- - - - ggcaaaaa
- - - - - - - - - - - - - - tgctgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - acatgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tcaccat