Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttagtccttaatgtccaagaaccatacacgttttacacacaccattaatgttttttgtttggtaccactaatgtgtagttgttagattttgaagggttcttggttctgagttcttagatttgaatggcttgatttttcagGTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G49400.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|22933116|gb|BU550255.1|BU550255
EST:     NNNCNGCTATGATCTTGGCACTCATTGCCATTTCCATGCTTCAAACAGTG                         GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA
genomic: TTGCTGCTATGATCTTGGCACTCATTGCCATTTCCATGCTTCAAACAGTGgttagtcctt ... gatttttcagGTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA
EST: gi|209707476|gb|BW664935.1|BW664935
EST:     TTGCTGCTATGATCTTGGCACTCATTGCCATTTCCATGCTTCAAACAGTG                         GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA
genomic: TTGCTGCTATGATCTTGGCACTCATTGCCATTTCCATGCTTCAAACAGTGgttagtcctt ... gatttttcagGTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA
EST: gi|209722460|gb|BW668748.1|BW668748
EST:     TTGCTGCTATGATCTTGGCACTCATTGCCATTTCCATGCTTCAAACAGTG                         GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA
genomic: TTGCTGCTATGATCTTGGCACTCATTGCCATTTCCATGCTTCAAACAGTGgttagtcctt ... gatttttcagGTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA
EST: gi|13312489|gb|BG406140.1|BG406140
EST:     TTGCTGCTATGATCTTGGCACTCATTGCCATTTCCATGCTTCAAACAGTG                         GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA
genomic: TTGCTGCTATGATCTTGGCACTCATTGCCATTTCCATGCTTCAAACAGTGgttagtcctt ... gatttttcagGTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA
EST: gi|213618133|gb|DB965290.1|DB965290
EST:     TTGCTGCTATGATCTTGGCACTCATTGCCATTTCCATGCTTCAAACAGTG                         GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA
genomic: TTGCTGCTATGATCTTGGCACTCATTGCCATTTCCATGCTTCAAACAGTGgttagtcctt ... gatttttcagGTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA
EST: gi|209710581|gb|BW661987.1|BW661987
EST:     TTGCTGCTATGATCTTGGCACTCATTGCCATTTCCATGCTTCAAACAGTG                         GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA
genomic: TTGCTGCTATGATCTTGGCACTCATTGCCATTTCCATGCTTCAAACAGTGgttagtcctt ... gatttttcagGTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA
EST: gi|208046692|gb|GD849528.1|GD849528
EST:     ATCTTGGCACTCATTGCCATTTCCATGCTTCAAACAGTG                         GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA
genomic: ATCTTGGCACTCATTGCCATTTCCATGCTTCAAACAGTGgttagtcctt ... gatttttcagGTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA
EST: gi|192329190|gb|FK021148.1|FK021148
EST:     TCTTGGCACTCATTGCCATTTCCATGCTTCAAACAGTG                         GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA
genomic: TCTTGGCACTCATTGCCATTTCCATGCTTCAAACAGTGgttagtcctt ... gatttttcagGTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA
EST: gi|151412134|gb|EV281946.1|EV281946
EST:     TTGCTGCTATGATCTTGGCACTCATTGCCATTTCCATGCTTCAAACAGTG                         GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA
genomic: TTGCTGCTATGATCTTGGCACTCATTGCCATTTCCATGCTTCAAACAGTGgttagtcctt ... gatttttcagGTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA
EST: gi|17022389|gb|BM093423.1|BM093423
EST:     TTGCTGCTATGATCTTGGCACTCATTGCCATTTCCATGCTTCAAACAGTG                         GTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA
genomic: TTGCTGCTATGATCTTGGCACTCATTGCCATTTCCATGCTTCAAACAGTGgttagtcctt ... gatttttcagGTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attttgaagggttcttggttctgagttcttagatttgaatggcttgatttttcagGTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA
                                         gcttgat  putative branch site (score: 5)
                                               tttttc  CT-rich tract
                                           ttgattttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttagtccttaatgtccaagaaccatacacgttttacacacaccattaatgttttttgtttggtaccactaatgtgtagttgttagattttgaagggttcttggttctgagttcttagatttgaatggcttgatttttcagGTTATGGCTGCTAATGAGCAAGGAGGCCACTTGTATGACAACAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG