Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttgttgagtggggattccaccctccttttttgtttgcttcaatagaggttcctttattgttgatgggcactcatgcaatatgtgtgtttttttttatgcaGTTTGGTGTTTTCAACAAGTTGATTGGATGGGATTTGCTTTGTCTTTTGGTTCCTTGCCTGTTTTGGTTTCCTCTTATGACTTTGCTACCCCAAATAAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G05520.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209701169|gb|BW652202.1|BW652202
EST:     CTTACACGCTCCCTACCCTTCCATAATTGTTGGTCTCTTTCAGTGCCTCA                         GTTTGGTGTTTTCAACAAGTTGATTGGATGGGATTTGCTTTGTCTTTTGGT
genomic: CTTACACGCTCCCTACCCTTCCATAATTGTTGGTCTCTTTCAGTGCCTCAggtctgtttc ... tttttatgcaGTTTGGTGTTTTCAACAAGTTGATTGGATGGGATTTGCTTTGTCTTTTGGT
EST: gi|26045687|gb|CA783193.1|CA783193
EST:     CTTACACGCTCCCTACCCTTCCATAATTGTTGGTCTCTTTCAGTGCCTCA                         GTTTGGTGTTTTCAACAAGTTGATTGGATGGGATTTGCTTTGTCTTTTGGT
genomic: CTTACACGCTCCCTACCCTTCCATAATTGTTGGTCTCTTTCAGTGCCTCAggtctgtttc ... tttttatgcaGTTTGGTGTTTTCAACAAGTTGATTGGATGGGATTTGCTTTGTCTTTTGGT
EST: gi|151412353|gb|EV282165.1|EV282165
EST:     CTTACACGCTCCCTACCCTTCCATAATTGTTGGTCTCTTTCAGTGCCTCA                         GTTTGGTGTTTTCAACAAGTTGATTGGATGGGATTTGCTTTGTCTTTTGGT
genomic: CTTACACGCTCCCTACCCTTCCATAATTGTTGGTCTCTTTCAGTGCCTCAggtctgtttc ... tttttatgcaGTTTGGTGTTTTCAACAAGTTGATTGGATGGGATTTGCTTTGTCTTTTGGT
EST: gi|5687803|gb|AI940875.1|AI940875
EST:     CTTACACGCTCCCTACCCTTCCATAATTGTTGGTCTCTTTCAGTGCCTCA                         GTTTGGTGTTTTCAACAAGTTGATTGGATGGGATTTGCTTTGTCTTTTGGT
genomic: CTTACACGCTCCCTACCCTTCCATAATTGTTGGTCTCTTTCAGTGCCTCAggtctgtttc ... tttttatgcaGTTTGGTGTTTTCAACAAGTTGATTGGATGGGATTTGCTTTGTCTTTTGGT
EST: gi|193546209|gb|FK503170.1|FK503170
EST:     CTTACACGCTCCCTACCCTTCCATAATTGTTGGTCTCTTTCAGTGCCTCA                         GTTTGGTGTTTTCAACAAGTTGATTGGATGGGATTTGCTTTGTCTTTTGGT
genomic: CTTACACGCTCCCTACCCTTCCATAATTGTTGGTCTCTTTCAGTGCCTCAggtctgtttc ... tttttatgcaGTTTGGTGTTTTCAACAAGTTGATTGGATGGGATTTGCTTTGTCTTTTGGT
EST: gi|7326838|gb|AW620636.1|AW620636
EST:     CTTACACGCTCCCTACCCTTCCATAATTGTTGGTCTCTTTCAGTGCCTCA                         GTTTGGTGTTTTCAACAAGTTGATTGGATGGGATTTGCTTTGTCTTTTGGT
genomic: CTTACACGCTCCCTACCCTTCCATAATTGTTGGTCTCTTTCAGTGCCTCAggtctgtttc ... tttttatgcaGTTTGGTGTTTTCAACAAGTTGATTGGATGGGATTTGCTTTGTCTTTTGGT
EST: gi|209701362|gb|BW655958.1|BW655958
EST:     CTTACACGCTCCCTACCCTTCCATAATTGTTGGTCTCTTTCAGTGCCTCA                         GTTTGGTGTTTTCAACAAGTTGATTGGATGGGATTTGCTTTGTCTTTTGGT
genomic: CTTACACGCTCCCTACCCTTCCATAATTGTTGGTCTCTTTCAGTGCCTCAggtctgtttc ... tttttatgcaGTTTGGTGTTTTCAACAAGTTGATTGGATGGGATTTGCTTTGTCTTTTGGT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aggttcctttattgttgatgggcactcatgcaatatgtgtgtttttttttatgcaGTTTGGTGTTTTCAACAAGTTGATTGGATGGGATTTGCTTTGTCTTTTGGTTCCTTGCCTGTTTTGGTTTCCTCTTATGACTTTGCTACCCCAAATAAAG
            tgttgat  putative branch site (score: 4)
                                       tgttttttttt  putative PPT
                               aatatgtgtgtttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttgttgagtggggattccaccctccttttttgtttgcttcaatagaggttcctttattgttgatgggcactcatgcaatatgtgtgtttttttttatgcaGTTTGGTGTTTTCAACAAGTTGATTGGATGGGATTTGCTTTGTCTTTTGGTTCCTTGCCTGTTTTGGTTTCCTCTTATGACTTTGCTACCCCAAATAAAG

- - -gagtggg
- - - - - - - ttccacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - tgcttca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gttgatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tcatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtgtgt