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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...taactgtctctcttttggttgtagggtcttaaacatcaactaaaaattattctgttctcactaaaaagatgtcctaatatttttgcttattttttctccaGGTTGCATTGGATATAGAGTACCACCACAATATGTTAATATCCCACCAAAAAGTGAATCCAAAGGAAATCATAGTAGGATG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA18G03340.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA18G03340.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv13s0019g03470.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
---taactgtctctcttttggttgtagggtcttaaacatcaactaaaaattattctgttctcactaaaaagatgtcctaatatttttgcttattttttctccaGGTTGCATTGGATATAGAGTACCACCACAATATGTTAATATCCCACCAAAAAGTGAATCCAAAGGAAATCATAGTAGGATG
   ||  ||       ||  |   ||   |||| |  |  ||  ||     |     || |  || |     | |  |     ||||    ||  |   | ||||||||||||||||| || ||||| || ||||||||| |||||||||| || ||||||||||||||| |||| || |||||
gcgtagatggagggagttaagagttattttctttagtaa-aatcaaggggaagatgattttgtcttattctctttttttcccctttt---catcatggttgcagGTTGCATTGGATATCGATTACCATCATAATATGTTATTATCCCACCAGAAGGTGAATCCAAAGGAAGTCATTGTCGGATG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209719677|gb|BW651051.1|BW651051
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EST: gi|19935056|gb|BQ080086.1|BQ080086
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EST: gi|19453023|gb|BM954433.1|BM954433
EST:     GTCGATATCCGAAATTCCTATGCTGTTCCTCACAACGAGTCTATCGAACA                         GGTTGCATTGGATATAGAGTACCACCACAATATGTTAATATCCCACCAAAA
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EST: gi|26056153|gb|CA799067.1|CA799067
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EST: gi|213594444|gb|DB968000.1|DB968000
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EST: gi|192330295|gb|FK019860.1|FK019860
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EST: gi|151393659|gb|EV263534.1|EV263534
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EST: gi|213589009|gb|DB973109.1|DB973109
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EST: gi|9264567|gb|BE352714.1|BE352714
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EST: gi|192326353|gb|FK015885.1|FK015885
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EST: gi|7232801|gb|AW568154.1|AW568154
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EST: gi|298189351|gb|HO037754.1|HO037754
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EST: gi|8402060|gb|BE057694.1|BE057694
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EST: gi|21677033|gb|BQ629384.1|BQ629384
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EST: gi|18730042|gb|BM525647.1|BM525647
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EST: gi|151395671|gb|EV265548.1|EV265548
EST:     GTCGATATCCGAAATTCCTATGCTGTTCCTCACAACGAGTCTATCGAACA                         GGTTGCATTGGATATAGAGTACCACCACAATATGTTAATATCCCACCAAAA
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EST: gi|193354491|gb|FK318999.1|FK318999
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EST: gi|10709468|gb|BF009192.1|BF009192
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EST: gi|209707331|gb|BW670894.1|BW670894
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EST: gi|192332673|gb|FK025330.1|FK025330
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EST: gi|209728075|gb|BW655308.1|BW655308
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EST: gi|193337514|gb|FK304210.1|FK304210
EST:     CCTCACAACGAGTCTATCGAACA                         GGTTGCATTGGATATAGAGTACCACCACAATATGTTAATATCCCACCAAAA
genomic: CCTCACAACGAGTCTATCGAACAggttattcac ... tttttctccaGGTTGCATTGGATATAGAGTACCACCACAATATGTTAATATCCCACCAAAA
EST: gi|192307669|gb|FK001613.1|FK001613
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EST: gi|19269241|gb|BM885497.1|BM885497
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EST: gi|254317273|gb|GR826218.1|GR826218
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EST: gi|8283503|gb|BE021062.1|BE021062
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EST: gi|209700662|gb|BW670451.1|BW670451
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EST: gi|192323135|gb|FK016326.1|FK016326
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EST: gi|16996701|gb|BM086073.1|BM086073
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EST: gi|17963043|gb|BM269797.1|BM269797
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EST: gi|209718436|gb|BW666248.1|BW666248
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EST: gi|209713285|gb|BW684372.1|BW684372
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EST: gi|151410317|gb|EV280132.1|EV280132
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EST: gi|16348136|gb|BI973731.1|BI973731
EST:     GTCGATATCCGAAATTCCTATGCTGTTCCTCACAACGAGTCTATCGAACA                         GGTTGCATTGGATATAGAGTACCACCACAATATGTTAATATCCCACCAAAA
genomic: GTCGATATCCGAAATTCCTATGCTGTTCCTCACAACGAGTCTATCGAACAggttattcac ... tttttctccaGGTTGCATTGGATATAGAGTACCACCACAATATGTTAATATCCCACCAAAA
EST: gi|213598916|gb|DB964505.1|DB964505
EST:     GTCGATATCCGAAATTCCTATGCTGTTCCTCACAACGAGTCTATCGAACA                         GGTTGCATTGGATATAGAGTACCACCACAATATGTTAATATCCCACCAAAA
genomic: GTCGATATCCGAAATTCCTATGCTGTTCCTCACAACGAGTCTATCGAACAggttattcac ... tttttctccaGGTTGCATTGGATATAGAGTACCACCACAATATGTTAATATCCCACCAAAA
EST: gi|213617601|gb|DB969313.1|DB969313
EST:     GTCGATATCCGAAATTCCTATGCTGTTCCTCACAACGAGTCTATCGAACA                         GGTTGCATTGGATATAGAGTACCACCACAATATGTTAATATCCCACCAAAA
genomic: GTCGATATCCGAAATTCCTATGCTGTTCCTCACAACGAGTCTATCGAACAggttattcac ... tttttctccaGGTTGCATTGGATATAGAGTACCACCACAATATGTTAATATCCCACCAAAA
EST: gi|298177731|gb|HO023750.1|HO023750
EST:     GTCGATATCCGAAATTCCTATGCTGTTCCTCACAACGAGTCTATCGAACA                         GGTTGCATTGGATATAGAGTACCACCACAATATGTTAATATCCCACCAAAA
genomic: GTCGATATCCGAAATTCCTATGCTGTTCCTCACAACGAGTCTATCGAACAggttattcac ... tttttctccaGGTTGCATTGGATATAGAGTACCACCACAATATGTTAATATCCCACCAAAA
EST: gi|8826275|gb|BE210005.1|BE210005
EST:     GTCGATATCCGAAATTCCTATGCTGTTCCTCACAACGAGTCTATCGAACA                         GGTTGCATTGGATATAGAGTACCACCACAATATGTTAATATCCCACCAAAA
genomic: GTCGATATCCGAAATTCCTATGCTGTTCCTCACAACGAGTCTATCGAACAggttattcac ... tttttctccaGGTTGCATTGGATATAGAGTACCACCACAATATGTTAATATCCCACCAAAA
EST: gi|192333944|gb|FK024757.1|FK024757
EST:     GTCGATATCCGAAATTCCTATGCTGTTCCTCACAACGAGTCTATCGAACA                         GGTTGCATTGGATATAGAGTACCACCACAATATGTTAATATCCCACCAAAA
genomic: GTCGATATCCGAAATTCCTATGCTGTTCCTCACAACGAGTCTATCGAACAggttattcac ... tttttctccaGGTTGCATTGGATATAGAGTACCACCACAATATGTTAATATCCCACCAAAA
EST: gi|298188977|gb|HO035702.1|HO035702
EST:     GTCGATATCCGAAATTCCTATGCTGTTCCTCACAACGAGTCTATCGAACA                         GGTTGCATTGGATATAGAGTACCACCACAATATGTTAATATCCCACCAAAA
genomic: GTCGATATCCGAAATTCCTATGCTGTTCCTCACAACGAGTCTATCGAACAggttattcac ... tttttctccaGGTTGCATTGGATATAGAGTACCACCACAATATGTTAATATCCCACCAAAA
EST: gi|208332629|gb|GE126920.1|GE126920
EST:     CAACGAGTCTATCGAACA                         GGTTGCATTGGATATAGAGTACCACCACAATATGTTAATATCCCACCAAAA
genomic: CAACGAGTCTATCGAACAggttattcac ... tttttctccaGGTTGCATTGGATATAGAGTACCACCACAATATGTTAATATCCCACCAAAA
EST: gi|298186776|gb|HO037409.1|HO037409
EST:     GTCGATATCCGAAATTCCTATGCTGTTCCTCACAACGAGTCTATCGAACA                         GGTTGCATTGGATATAGAGTACCACCACAATATGTTAATATCCCACCAAAA
genomic: GTCGATATCCGAAATTCCTATGCTGTTCCTCACAACGAGTCTATCGAACAggttattcac ... tttttctccaGGTTGCATTGGATATAGAGTACCACCACAATATGTTAATATCCCACCAAAA
EST: gi|10709184|gb|BF008908.1|BF008908
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EST: gi|192303416|gb|FG995668.1|FG995668
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EST: gi|15815430|gb|BI787705.1|BI787705
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genomic: GTCGATATCCGAAATTCCTATGCTGTTCCTCACAACGAGTCTATCGAACAggttattcac ... tttttctccaGGTTGCATTGGATATAGAGTACCACCACAATATGTTAATATCCCACCAAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

attattctgttctcactaaaaagatgtcctaatatttttgcttattttttctccaGGTTGCATTGGATATAGAGTACCACCACAATATGTTAATATCCCACCAAAAAGTGAATCCAAAGGAAATCATAGTAGGATG
                          tcctaat  putative branch site (score: 2)
                                tatttttgcttatttt  CT-rich tract
                             taatatttttgcttat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
taactgtctctcttttggttgtagggtcttaaacatcaactaaaaattattctgttctcactaaaaagatgtcctaatatttttgcttattttttctccaGGTTGCATTGGATATAGAGTACCACCACAATATGTTAATATCCCACCAAAAAGTGAATCCAAAGGAAATCATAGTAGGATG

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGGATG
- -ctgtctc
- - - - - -cttttgg
- - - - - - - - - - - - - - - - -catcaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaaaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcttat