1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gttagccttcacatcaacgtcatttttttatatatatatattattcgaaatcaagacgctttttttattttaattttttatcctgatttgtttaattggttgattaattatcagGGTGATGCTTGTGGGTTGGGGTGGAAACAACGGCTCTACCCTCACCGGTGGTGTTATTGCTAACAGAGA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA18G02210.3 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAATCCGTCAACTACCAATTTAAAACCAACACCCATGTTCCAAAATTGGG GGTGATGCTTGTGGGTTGGGGTGGAAACAACGGCTCTACCCTCACCGEST: gi|9986214|gb|BE660322.1|BE660322
genomic: AAATCCGTCAACTACCAATTTAAAACCAACACCCATGTTCCAAAATTGGGgttagccttc ... taattatcagGGTGATGCTTGTGGGTTGGGGTGGAAACAACGGCTCTACCCTCACCG
EST: AAATCCGTCAACTACCAATTTAAAACCAACACCCATGTTCCAAAATTGGG GGTGATGCTTGTGGGTTGGGGTGGAAACAACGGCTCTACCCTCACCGGTGGEST: gi|27427007|gb|CA938527.1|CA938527
genomic: AAATCCGTCAACTACCAATTTAAAACCAACACCCATGTTCCAAAATTGGGgttagccttc ... taattatcagGGTGATGCTTGTGGGTTGGGGTGGAAACAACGGCTCTACCCTCACCGGTGG
EST: AAATCCGTCAACTACCAATTTAAAACCAACACCCATGTTCCAAAATTGGG GGTGATGCTTGTGGGTTGGGGTGGAAACAACGGCTCTACCCTCACCGGTGG
genomic: AAATCCGTCAACTACCAATTTAAAACCAACACCCATGTTCCAAAATTGGGgttagccttc ... taattatcagGGTGATGCTTGTGGGTTGGGGTGGAAACAACGGCTCTACCCTCACCGGTGG
tttttttattttaattttttatcctgatttgtttaattggttgattaattatcagGGTGATGCTTGTGGGTTGGGGTGGAAACAACGGCTCTACCCTCACCGGTGGTGTTATTGCTAACAGAGA
gattaat putative branch site (score: 3)
ttattttaatttttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttagccttcacatcaacgtcatttttttatatatatatattattcgaaatcaagacgctttttttattttaattttttatcctgatttgtttaattggttgattaattatcagGGTGATGCTTGTGGGTTGGGGTGGAAACAACGGCTCTACCCTCACCGGTGGTGTTATTGCTAACAGAGA
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