Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tcacttttttaagaaaaggaactgataatattgtgtctaagttttgtaatatgaataattcctaataaaacgacacattcctcaatttttttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGAACTATGTGAATTGCAGCATCTCAAACCCCATAAAGGAGTACAATGATGA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G34040.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|151397875|gb|EV267748.1|EV267748
EST:     ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTG                         TTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
genomic: ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTGgtatggtaac ... ttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
EST: gi|298165132|gb|HO011181.1|HO011181
EST:     ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTTGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTG                         TTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
genomic: ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTGgtatggtaac ... ttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
EST: gi|298163295|gb|HO012028.1|HO012028
EST:     ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTG                         TTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
genomic: ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTGgtatggtaac ... ttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
EST: gi|58020939|gb|CX707681.1|CX707681
EST:     ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTG                         TTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
genomic: ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTGgtatggtaac ... ttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
EST: gi|151410021|gb|EV279829.1|EV279829
EST:     ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTG                         TTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
genomic: ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTGgtatggtaac ... ttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
EST: gi|151408640|gb|EV278448.1|EV278448
EST:     ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTG                         TTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
genomic: ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTGgtatggtaac ... ttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
EST: gi|298181307|gb|HO022746.1|HO022746
EST:     ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTCCCAAGTTGGAGACTATCTTG                         TTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
genomic: ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTGgtatggtaac ... ttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
EST: gi|298193721|gb|HO040369.1|HO040369
EST:     ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTG                         TTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
genomic: ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTGgtatggtaac ... ttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
EST: gi|7232253|gb|AW567610.1|AW567610
EST:     ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTG                         TTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
genomic: ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTGgtatggtaac ... ttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
EST: gi|151395005|gb|EV264876.1|EV264876
EST:     ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTG                         TTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCGAGTGAGCAAAGAGA
genomic: ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTGgtatggtaac ... ttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
EST: gi|151396574|gb|EV266451.1|EV266451
EST:     ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTG                         TTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
genomic: ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTGgtatggtaac ... ttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
EST: gi|298191581|gb|HO039060.1|HO039060
EST:     ACCCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTG                         TTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
genomic: ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTGgtatggtaac ... ttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
EST: gi|192326566|gb|FK017283.1|FK017283
EST:     ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTG                         TTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
genomic: ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTGgtatggtaac ... ttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
EST: gi|209717543|gb|BW653957.1|BW653957
EST:     ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTG                         TTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
genomic: ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTGgtatggtaac ... ttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
EST: gi|31471132|gb|CD413160.1|CD413160
EST:     ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTG                         TTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
genomic: ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTGgtatggtaac ... ttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
EST: gi|58017914|gb|CX704656.1|CX704656
EST:     ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTG                         TTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
genomic: ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTGgtatggtaac ... ttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
EST: gi|209717544|gb|BW653958.1|BW653958
EST:     ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTG                         TTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
genomic: ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTGgtatggtaac ... ttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
EST: gi|298194619|gb|HO043091.1|HO043091
EST:     ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTG                         TTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
genomic: ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTGgtatggtaac ... ttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
EST: gi|192296440|gb|FG989100.1|FG989100
EST:     ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTG                         TTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
genomic: ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTGgtatggtaac ... ttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
EST: gi|192296455|gb|FG989820.1|FG989820
EST:     ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTG                         TTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
genomic: ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTGgtatggtaac ... ttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
EST: gi|207712857|gb|GD693915.1|GD693915
EST:     ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTG                         TTTGGAAATATGGTGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
genomic: ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTGgtatggtaac ... ttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
EST: gi|298194037|gb|HO040685.1|HO040685
EST:     ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTG                         TTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
genomic: ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTGgtatggtaac ... ttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
EST: gi|298182763|gb|HO031498.1|HO031498
EST:     ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTG                         TTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
genomic: ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTGgtatggtaac ... ttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
EST: gi|207711273|gb|GD693036.1|GD693036
EST:     ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTG                         TTTGGAAATATGGTGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
genomic: ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTGgtatggtaac ... ttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
EST: gi|151395060|gb|EV264931.1|EV264931
EST:     ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTG                         TTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
genomic: ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTGgtatggtaac ... ttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
EST: gi|298186202|gb|HO036835.1|HO036835
EST:     ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTG                         TTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
genomic: ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTGgtatggtaac ... ttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
EST: gi|298187393|gb|HO034542.1|HO034542
EST:     ACTCAACCAATGGGCAAAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTG                         TTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA
genomic: ACTCAACCAATGGGCAGAAAAGTCTCGTTTCCAAGTTGGAGACTATCTTGgtatggtaac ... ttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gtaatatgaataattcctaataaaacgacacattcctcaatttttttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGAACTATGTGAATTGCAGCATCTCAAACCCCATAAAGGAGTACAATGATGA
              tcctaat  putative branch site (score: 2)
                                ttcctcaattttttt  putative PPT
        aataattcctaataaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tcacttttttaagaaaaggaactgataatattgtgtctaagttttgtaatatgaataattcctaataaaacgacacattcctcaatttttttggccccagTTTGGAAATATGATGGTGGAAAAGACTCAGTGTTGCAAGTGAGCAAAGAGAACTATGTGAATTGCAGCATCTCAAACCCCATAAAGGAGTACAATGATGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAG
- - - - - aagaaaa
- - - - - - - - - - - - - - - - gtgtcta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aataaaa