1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...taaatcgataaacaaatattttaacattttgatgtaatcattgaggatattatggttctgttgatgattaatatgtttttggccgggaatctgcatgcagCTATTAGTAAATTGAAAGAAGAGATAAAGGGGGGTGTGAGAATGAAAGATGAAGCCGTGGTTGAAGAGTTGATGAAACTTATGAAAACCAATTCTGAAGC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G20520.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTAGTGAAAAGGTTGGAAGATGAGAAGAAGAAGATTGAAGCATTCAAAC CTATTAGTAAATTGAAAGAAGAGATAAAGGGGGGTGTGAGAATGAAAGATG
genomic: CTTAGTGAAAAGGTTGGAAGATGAGAAGAAGAAGATTGAAGCATTCAAACgtgagcttcc ... ctgcatgcagCTATTAGTAAATTGAAAGAAGAGATAAAGGGGGGTGTGAGAATGAAAGATG
gatattatggttctgttgatgattaatatgtttttggccgggaatctgcatgcagCTATTAGTAAATTGAAAGAAGAGATAAAGGGGGGTGTGAGAATGAAAGATGAAGCCGTGGTTGAAGAGTTGATGAAACTTATGAAAACCAATTCTGAAGC
gattaat putative branch site (score: 3)
atgattaatatgtttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| taaatcgataaacaaatattttaacattttgatgtaatcattgaggatattatggttctgttgatgattaatatgtttttggccgggaatctgcatgcagCTATTAGTAAATTGAAAGAAGAGATAAAGGGGGGTGTGAGAATGAAAGATGAAGCCGTGGTTGAAGAGTTGATGAAACTTATGAAAACCAATTCTGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - -aaacaaa
- - - - - - - - - - - - - - -tgatgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggccggg