Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgctgatttctattagttatgctggttgagctttctatcatagcatttttgttattctagtgaaattaggcattatttgtgttggtttatgttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTATGAGATTCTTGCAGCGGGTGAGGTGCTGGGAGTATCGCCAGCAACCTTC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA17G15230.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA17G15230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os03g40180.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
--------------------tgctgatttctattagttatgctggttgagctttctatcatagcatttttgttattctagtgaaattaggcattatttgtgttggtttatgttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTATGAGATTCTTGCAGCGGGTGAGGTGCTGGGAGTATCGCCAGCAACCTTC
                     ||     || || | |   |    |  || || | | |    ||  |   |   |||  |||  |  | | |   | || ||| | |        | |||||| |||||||| || |||||||||||| | | ||||||||| || || ||||| ||| ||||||| ||| |||||||||||||  | ||||| ||  |
gtgagctcctcctccgacgccgcctccctccatcactctcgtc--tccagtttcccacccctccacctccatctctctcctga--tccgtcctccgtcgttttgctgtgc------acagGTGCGTACAAGTACGTGTCGGAGCTATGGAGGAGGAAGCAGTCGGACGTGATGAGGTTCGTGCAGCGCGTGCGGTGCTGGGAGTACAGGCAGCAGCCGGC

upper sequence: GLYMA17G15230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os05g19370.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
tgctgatttctattagttatgctggttgagctttctatcatagcatttttgttattctagtgaaattaggcattatttgtgttggtttatgttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTATGAGATTCTTGCAGCGGGTGAGGTGCTGGGAGTATCGCCAGCAACCTTC
   |||  ||       |   | |  ||  | |  |       |   |   |   ||   |    | | ||      | | ||| |    | ||||   || || |||||||| || |||||||||||| | | ||||||||| || || ||||| ||| ||||||| ||| | ||||||||||| |||||||| ||  |
--gtgagctcctcctcctcctccgcctgttcctcgtcgacctccccctacatctctcctctcttctgatgcgcccggttt-ttgctgcgaggtgca---gGGGCGTACAAGTACGTGTCGGAGCTATGGAGGAGGAAGCAGTCGGACGTGATGAGGTTCGTGCAGCGCGTGCGCTGCTGGGAGTACCGCCAGCAGCCGGC

upper sequence: GLYMA17G15230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G034794_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
tgctgatttctattagttatgctggttgagctttctatcatagcatttttgttattctagtgaaattaggcattatttgtgttggtttatgttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTATGAGATTCTTGCAGCGGGTGAGGTGCTGGGAGTATCGCCAGCAACCTTC
   |||  |||  || |||     | ||  || ||     | ||||   ||    |||       |   | || |||| ||| | |    || |||  |||||| |||||||| || |||||||||||||| | ||||||||| ||||| ||| | ||| ||||||| ||| | |||||||||||  | ||||| ||  |
--gtgagctctcgtatttaccgctgatggcctctccgat-tcgcatgcgtg--ggtcttaccgtgtgtcgtatcattt-tgtcgct----gtggca-cagGTGCGTACAAGTACGTCTCGGAGCTATGGCGGAGGAAGCAGTCCGATGTGATGCGGTTCGTGCAGCGCGTGCGCTGCTGGGAGTACAGGCAGCAGCCGGC

upper sequence: GLYMA17G15230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: AT4G17390.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
---tgctgatttctattagttatgctggttgagctttctatcatagcatttttgttattctagtga--aattaggcattatttgtgttggtttatgttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTATGAGATTCTTGCAGCGGGTGAGGTGCTGGGAGTATCGCCAGCAACCTTC
   || |  |  ||||||  | | ||    ||  |   |    ||   ||  |   |||||||     ||||| | || |  |||| |  || ||      | |||||| ||||| || || |||||||||||| | ||||||||||| ||||| ||||| ||  | ||| |||| ||||| ||||||||||||||||| |||||
gtatgtttctcactattatctct-ctctcagatgtcgtttctgtattgttcattagattctagaagttaattaaggatgaaatgtgatttttgatt-----acagGTGCGTACAAATACGTGTCGGAGCTATGGAGGAAGAAGCAGTCGGATGTGATGAGGTTTCTTCAGAGGGTTAGGTGTTGGGAGTATCGCCAGCAGCCTTC

upper sequence: GLYMA17G15230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: AT4G16720.1 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 1
---------------------------------------tgctgatttct---attagttatgctggttgagctttctatca--tagcatttttgttattctagtgaaattaggcattatttgtgttggt--ttatgttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTATGAGATTCTTGCAGCGGGTGAGGTGCTGGGAGTATCGCCAGCAACCTTC
                                         ||  |||||   ||   ||  |||  |  |   ||   |||  |    ||| |||||      ||  |||    | || ||   ||  |  ||   |||  |||||||| ||||||||||| || ||||||||| | ||||| ||||| ||||| ||||||||| | ||| |||| ||||||||||||||  | |||||||||||
gtaaatccttcttctccatcccttcttctagatcaaatcctctcgtttcttagatcgattcagcttctccattgtttgttcaaatgatgtttctgttacgtatctgttattgcaaactacttagcttaatgatttgattgatatagGTGCGTACAAGTATGTATCTGAGCTATGGAGGAAGAAACAGTCCGATGTGATGAGATTCCTCCAGAGGGTTAGGTGCTGGGAGTACAGACAGCAACCTTC

upper sequence: GLYMA17G15230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv16s0013g02020.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
-----tgctga--tttctattagttatgctggttgagctttctatcatagcatttttgttattctagt-gaaattaggcattatttgtgttggtttatgttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTATGAGATTCTTGCAGCGGGTGAGGTGCTGGGAGTATCGCCAGCAACCTTC
       |  |  ||||  | | |     |   |   ||| | | |     |||   ||| | | | | |    |     ||||| |  ||| |    || ||| |||| || |||||||| || |||||||||||| | |||||||| || ||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||
gtaagcaccaagctttccttcactctctttttctctacttccaagcg-gatattagggttttccgatttgtggcttcctgttattggcattgttcgtggtggcattagGGGCTTACAAGTACGTGTCGGAGCTATGGAGGAAGAAGCAATCCGATGTGATGAGGTTCTTGCAGAGGGTGAGGTGCTGGGAGTATCGCCAGCACCCTTC

upper sequence: GLYMA17G15230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv15s0021g02480.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
tgctgatttctattagttatgctggttgagctttctatcatagcatttttgttattctagtgaa-attaggcattatttgtgttggtttatgttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTATGAGATTCTTGCAGCGGGTGAGGTGCTGGGAGTATCGCCAGCAACCTTC
|| | | ||   | | | |   || |      || | | ||   |||||| || ||  | |    ||| |   | |  | | | |||||  ||      ||| || |||| ||||||||| ||  ||||| | ||||||||||| ||||||||||| ||  ||||| |||| |||||||||||||||||||| || |||||
tg-taaattaactgaatgaaagtgttattaagttattttattttatttttatttttaaattttttatttgagttgaggtttttcggttttggtgatgtcagGGGCTTACATGTATGTTTCTGAATTATGGAGAAAGAAGCAGTCCGATGTTATGAGGTTTCTGCAGAGGGTCAGGTGCTGGGAGTATCGCCAACACCCTTC

upper sequence: GLYMA17G15230.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: PP1S28_15V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 1
tgctgatttctattagttatgctggttgagctttctatcat-agcatttttgttat-tctagtgaaattaggcattatttgtgttggtttatgttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTATGAGATTCTTGCAGCGGGTGAGGTGCTGGGAGTATCGCCAGCAACCTTC
    |||  |||   |||   | |||   ||||  | |  | ||  ||   |   | | ||  |   || ||  |  | | | || ||||  |||    |||| || ||||| ||  ||  |||||||||||| ||||||||||| |||||  || |||||||||  || ||| | |||||||||||  | ||||  ||   
cttcgatagctac--gttgcaccggtgttgcttcatgttgttagtgttggcgaattgtgtatggggtttcggggtcttatttatttgttttggtttgtttagGGGCGTACAAATACATTGAGGAGCTATGGCGGAAGAAGCAGTCCGATGTGTTGCGATTCTTGCTTCGTGTGCGCTGCTGGGAGTACAGGCAGCTTCCCGG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|4291856|gb|AI437679.1|AI437679
EST:     GCGACTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: GCGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|18732863|gb|BM527291.1|BM527291
EST:     CGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: CGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|213600418|gb|DB970312.1|DB970312
EST:     TAGTTCTTCGCTACTGCGGCTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: TAGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|37995051|gb|CF806640.1|CF806640
EST:     GCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: GCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|298177006|gb|HO023367.1|HO023367
EST:     ACTGCGGCTGCGCCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: ACTGCGACTGCG-CTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|151399666|gb|EV269537.1|EV269537
EST:     CTAGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: CTAGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|9899818|gb|BE608786.1|BE608786
EST:     TTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: TTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|58021396|gb|CX708137.1|CX708137
EST:     GCGACTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: GCGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|298190354|gb|HO032475.1|HO032475
EST:     ACTGCGGCCGCGCCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: ACTGCGACTGCG-CTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|192325554|gb|FK019410.1|FK019410
EST:     CTAGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: CTAGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|8283106|gb|BE020659.1|BE020659
EST:     GCGACTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: GCGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|298184555|gb|HO029768.1|HO029768
EST:     ACTGCGGCTGCGCCTCCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: ACTGCGACTGCG-CTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|192311613|gb|FK004854.1|FK004854
EST:     CTAGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: CTAGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|254326246|gb|GR840838.1|GR840838
EST:     GCGACTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: GCGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|298189932|gb|HO038335.1|HO038335
EST:     ACTGCGGCTGCGCCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: ACTGCGACTGCG-CTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|298192749|gb|HO033183.1|HO033183
EST:     GCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: GCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|298183348|gb|HO028561.1|HO028561
EST:     CTAGTTCTTCGCTACTGCGGCTGCGCCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: CTAGTTCTTCGCTACTGCGACTGCG-CTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|254326247|gb|GR840839.1|GR840839
EST:     CTTCAGCACAATGG                         GTGCCTTACAAGTATGTTTCCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGT
genomic: CTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCC-TACAAGTATGTTT-CGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATG-
EST: gi|298170969|gb|HO015945.1|HO015945
EST:     ACTGCGGCTGCGCCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: ACTGCGACTGCG-CTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|192297935|gb|FG988377.1|FG988377
EST:     CTAGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: CTAGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|209698240|gb|BW667543.1|BW667543
EST:     AGTTCTTCGCTACTGCGGCTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: AGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|209700977|gb|BW664158.1|BW664158
EST:     AGTTCTTCGCTACTGCGGCTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: AGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|298190387|gb|HO032508.1|HO032508
EST:     ACTGCGGCTGTGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: ACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|42723211|gb|CK769110.1|CK769110
EST:     GCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: GCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|192322504|gb|FK014625.1|FK014625
EST:     CTAGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: CTAGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|298174709|gb|HO014740.1|HO014740
EST:     CTGCGCCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: CTGCG-CTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|46492847|gb|CN472403.1|CN472403
EST:     CTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAG
genomic: CTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAG
EST: gi|298198164|gb|HO039703.1|HO039703
EST:     ACTGCGGCTGCGCCTTCAGCACAATGG                         GTGCCCACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: ACTGCGACTGCG-CTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|298191943|gb|HO036025.1|HO036025
EST:     ACTGCGGCTGCGCCTTCAGCACGATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: ACTGCGACTGCG-CTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|192311612|gb|FK004853.1|FK004853
EST:     CTAGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: CTAGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|298177853|gb|HO027406.1|HO027406
EST:     ACTGCGGCTGCGCCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: ACTGCGACTGCG-CTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|213589005|gb|DB973105.1|DB973105
EST:     AGTTCTTCGCTACTGCGGCTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: AGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|298192514|gb|HO036596.1|HO036596
EST:     ACTGCGGCTGCGCCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: ACTGCGACTGCG-CTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|298193387|gb|HO033821.1|HO033821
EST:     ACTGCGGCTGCGCCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGCTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: ACTGCGACTGCG-CTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|192328403|gb|FK020114.1|FK020114
EST:     ACCCTAGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: ACCCTAGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|192323265|gb|FK015271.1|FK015271
EST:     TAGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: TAGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|27424507|gb|CA936027.1|CA936027
EST:     CGACTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: CGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|6916241|gb|AW397771.1|AW397771
EST:     GCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: GCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|298189943|gb|HO038346.1|HO038346
EST:     GCTACTGCGGCTGCGCCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: GCTACTGCGACTGCG-CTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|298184118|gb|HO029331.1|HO029331
EST:     ACTGCGGCTGCGCCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: ACTGCGACTGCG-CTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|42722639|gb|CK768538.1|CK768538
EST:     GCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: GCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|192319846|gb|FK012936.1|FK012936
EST:     AGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: AGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|192327050|gb|FK015217.1|FK015217
EST:     TAGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: TAGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|213604730|gb|DB956085.1|DB956085
EST:     AGTTCTTCGCTACTGCGGCTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: AGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|298169137|gb|HO020497.1|HO020497
EST:     CATCGAAACCCTAGTTCTTCGCTACTGCGGCTGCGCCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: CATCGAAACCCTAGTTCTTCGCTACTGCGACTGCG-CTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|298176915|gb|HO026922.1|HO026922
EST:     ACTGCGGCTGCGCCTTCAGCGCAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: ACTGCGACTGCG-CTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|298171073|gb|HO016105.1|HO016105
EST:     ACTGCGGCTGCGCCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: ACTGCGACTGCG-CTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|42722521|gb|CK768420.1|CK768420
EST:     GCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: GCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|21675914|gb|BQ628265.1|BQ628265
EST:     TGCGACTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: TGCGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|192308857|gb|FK002081.1|FK002081
EST:     CTAGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: CTAGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|151413187|gb|EV282995.1|EV282995
EST:     CCTAGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: CCTAGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|298192513|gb|HO036595.1|HO036595
EST:     ACTGCGGCTGCGCCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: ACTGCGACTGCG-CTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|298173642|gb|HO016978.1|HO016978
EST:     ACTGCGGCTGCGCCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: ACTGCGACTGCG-CTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|7147120|gb|AW509042.1|AW509042
EST:     CGACTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: CGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|9899809|gb|BE608777.1|BE608777
EST:     TTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: TTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|58024460|gb|CX711201.1|CX711201
EST:     GCGACTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGCCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: GCGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|213588932|gb|DB969565.1|DB969565
EST:     TCATCGAAACCCTAGTTCTTCGCTACTGCGGCTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTACGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: TCATCGAAACCCTAGTTCTTCGCTACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|151408730|gb|EV278538.1|EV278538
EST:     ACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: ACTGCGACTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|18733448|gb|BM527613.1|BM527613
EST:     CTGCGCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: CTGCGCTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|298179410|gb|HO027881.1|HO027881
EST:     ACTGCGGCTGCGCCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: ACTGCGACTGCG-CTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA
EST: gi|298184535|gb|HO029748.1|HO029748
EST:     ACTGCGGCTGCGCCTTCAGCACAATGG                         GTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAGGAAGCAGTCTGATGTTA
genomic: ACTGCGACTGCG-CTTCAGCACAATGGgtatttcctc ... gttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttttgttattctagtgaaattaggcattatttgtgttggtttatgttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTATGAGATTCTTGCAGCGGGTGAGGTGCTGGGAGTATCGCCAGCAACCTTC
                          attatttgt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgctgatttctattagttatgctggttgagctttctatcatagcatttttgttattctagtgaaattaggcattatttgtgttggtttatgttgcaatagGTGCCTACAAGTATGTTTCGGAGCTATGGCGCAAGAAGCAGTCTGATGTTATGAGATTCTTGCAGCGGGTGAGGTGCTGGGAGTATCGCCAGCAACCTTC

tgctgat
- - - - - - - - - -tgctggt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggcatta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgttgg