Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...atatatgggctatttttgttatcctttttaatggaattgtcttaccttaaatatgaattttttttctcaacttggcttatgtagttttattatccttcagCTTGCAAAAAAAGGAGAGAAGTTTATAGACCTGCCTTATACTGTTAAAGGGATGGATGTATCTTTTAGTGGAATATTGAGCTATATTGAAGCAACCGCTG
Basic information
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G11650.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: GLYMA17G11650.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: AT4G22720.2 (Arabidopsis thaliana), 3'ss of exon 2
atatatgggctatttttgttatcctttttaatggaattgtcttaccttaaatatgaattttttttctcaacttggcttatgtagttttattatccttcagCTTGCAAAAAAAGGAGAGAAGTTTATAGACCTGCCTTATACTGTTAAAGGGATGGATGTATCTTTTAGTGGAATATTGAGCTATATTGAAGCAACCGCTG
| ||| || | | | | ||| || | | ||| || | | | ||| || || || || || ||| ||||||| || |||||||| || ||||| || || || ||| |||||||||| ||||||||||| || || ||||| ||||| ||||| ||| | || || |
--------gtagatttcatttgaaagtaaagtaaatttgaatt-cttgaaagattcaagaacaatgttaacacggtttttg--gtgttgttact----agCTTGCTAAGAAAGGAGAAAACTTTATTGATCTTCCGTATGCTGTTAAAGGTATGGATGTATCGTTCAGCGGAATCTTGAGTTATATCGAAACTACTGCAG atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.cttaaatatgaattttttttctcaacttggcttatgtagttttattatccttcagCTTGCAAAAAAAGGAGAGAAGTTTATAGACCTGCCTTATACTGTTAAAGGGATGGATGTATCTTTTAGTGGAATATTGAGCTATATTGAAGCAACCGCTG
ttttattatccttc CT-rich tract
atatgaattttttttc TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
atatatgggctatttttgttatcctttttaatggaattgtcttaccttaaatatgaattttttttctcaacttggcttatgtagttttattatccttcagCTTGCAAAAAAAGGAGAGAAGTTTATAGACCTGCCTTATACTGTTAAAGGGATGGATGTATCTTTTAGTGGAATATTGAGCTATATTGAAGCAACCGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gcttatg