1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...cttgcattgatctaatgagaaaactttctgtttccctcatggacttcatcatactgaattcatttaacttcattcctattctaatgctttctttaatcagAATTCTCCAAAACTAGCTGGAACAGTTAACTGGGGCACGGCAACTGTCGTTGGAGTATTTGCAGGCATGTTATATGGCGGTAGCAAGGAGGCAGCTGCTT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G09580.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CATCTGCGATCATGGAAGCTCCTGACAACTCAGAAGCCACCGTTCCATAT AATTCTCCAAAACTAGCTGGAACAGTTAACTGGGGCACGGCAACTGTCGTTEST: gi|4395753|gb|AI494750.1|AI494750
genomic: CATCTCCGATCATGGAAGCTCCTGACAACTCAGAAGCCACCGTTCCATATgtacgaaact ... ctttaatcagAATTCTCCAAAACTAGCTGGAACAGTTAACTGGGGCACGGCAACTGTCGTT
EST: CATCTCCGATCATGGAAGCTCCTGACAACTCAGAAGCCACCGTTCCATAT AATTCTCCAAAACTAGCTGGGACAGNTAACTGGGGCACEST: gi|27426126|gb|CA937646.1|CA937646
genomic: CATCTCCGATCATGGAAGCTCCTGACAACTCAGAAGCCACCGTTCCATATgtacgaaact ... ctttaatcagAATTCTCCAAAACTAGCTGGAACAGTTAACTGGGGCAC
EST: CATCTCCGATCATGGAAGCTCCTGACAACTCAGAAGCCACCGTTCCATAT AATTCTCCAAAACTAGCTGGAACAGTTAACTGGGGCACGGCAACTGTCGTT
genomic: CATCTCCGATCATGGAAGCTCCTGACAACTCAGAAGCCACCGTTCCATATgtacgaaact ... ctttaatcagAATTCTCCAAAACTAGCTGGAACAGTTAACTGGGGCACGGCAACTGTCGTT
tcatcatactgaattcatttaacttcattcctattctaatgctttctttaatcagAATTCTCCAAAACTAGCTGGAACAGTTAACTGGGGCACGGCAACTGTCGTTGGAGTATTTGCAGGCATGTTATATGGCGGTAGCAAGGAGGCAGCTGCTT
ttctaat putative branch site (score: 2)
tgctttcttt CT-rich tract
aattcatttaactt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cttgcattgatctaatgagaaaactttctgtttccctcatggacttcatcatactgaattcatttaacttcattcctattctaatgctttctttaatcagAATTCTCCAAAACTAGCTGGAACAGTTAACTGGGGCACGGCAACTGTCGTTGGAGTATTTGCAGGCATGTTATATGGCGGTAGCAAGGAGGCAGCTGCTT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
cttgcat
- - - - - - - - - - - -ctttctg
- - - - - - - - - - - - - - - -ttccctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gacttca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -catactg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aatgctt