1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
...aatttatgtttttatgttaccagtagccagtaagtgatgtaactccatttgctaaaaaattctacattttgtcacaattatgtaacctcgttaattgcagAGCCATTAACAGCAATTGACATTTCTTCTTATCCAAGAGATGGATCAAAGGTGCGCGTGGCTTATCAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA17G01610.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TCACCAAAATGAGTCAAAGGGCTTTCACAAGGACTTAAACTTACTTCCTA AGCCATTAACAGCAATTGACATTTCTTCTTATCCAAGAGATGGATCAAAGG
genomic: TCACCAAAATGAGTCAAAGGGCTTTCACAAGGACTTAAACTTACTTCCTAgtgagttaca ... ttaattgcagAGCCATTAACAGCAATTGACATTTCTTCTTATCCAAGAGATGGATCAAAGG
catttgctaaaaaattctacattttgtcacaattatgtaacctcgttaattgcagAGCCATTAACAGCAATTGACATTTCTTCTTATCCAAGAGATGGATCAAAGGTGCGCGTGGCTTATCAG
cctcgtt CT-rich tract
taaaaaattctacatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aatttatgtttttatgttaccagtagccagtaagtgatgtaactccatttgctaaaaaattctacattttgtcacaattatgtaacctcgttaattgcagAGCCATTAACAGCAATTGACATTTCTTCTTATCCAAGAGATGGATCAAAGGTGCGCGTGGCTTATCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - tgttacc
- - - - - - - - - - - - - - - - - tgatgta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctacatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtcaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgtaacc