Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...cttgtatcaagtggaaagtcttgattttcccctatctatagtgtgtgtttgatgcaatttgaattccaaaaatcttatctttctgagtgcttgggtgcagATGTTGGAGATCAGGGACTTTTCCTCTATGTGATGGAAGCCATGTAAAGCACAACAAAGCCACCGGAGATAATGTTGGCCCTCTTCTTTTGAAAAAGTAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G32810.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|5607079|gb|AI901177.1|AI901177
EST:     GATTCTGTGGTGGTAACTGAACTCTCCAAGCCCCTCACTCCTTATTGCAG                         ATGTTGGAGATCAGGGACTTTTCCTCTATGTGATGGAAGCCATGTAAAGCA
genomic: GATTCTGTGGTGGTAACTGAACTCTCCAAGCCCCTCACTCCTTATTGCAGgtaaggttca ... ttgggtgcagATGTTGGAGATCAGGGACTTTTCCTCTATGTGATGGAAGCCATGTAAAGCA
EST: gi|23732551|gb|BU764439.1|BU764439
EST:     GATTCTGTGGTGGTAACTGAACTCTCCAAGCCCCTCACTCCTTATTGCAG                         ATGTTGGAGATCAGGGACTTTTCCTCTATGTGATGGAAGCCATGTAAAGCA
genomic: GATTCTGTGGTGGTAACTGAACTCTCCAAGCCCCTCACTCCTTATTGCAGgtaaggttca ... ttgggtgcagATGTTGGAGATCAGGGACTTTTCCTCTATGTGATGGAAGCCATGTAAAGCA
EST: gi|11414123|gb|BF426134.1|BF426134
EST:     GATTCTGTGGTGGTAACTGAACTCTCCAAGCCCCTCACTCCTTATTGCAG                         ATGTTGGAGATCAGGGACTTTTCCTCTATGTGATGGAAGCCATGTAAAGCA
genomic: GATTCTGTGGTGGTAACTGAACTCTCCAAGCCCCTCACTCCTTATTGCAGgtaaggttca ... ttgggtgcagATGTTGGAGATCAGGGACTTTTCCTCTATGTGATGGAAGCCATGTAAAGCA
EST: gi|17963689|gb|BM270435.1|BM270435
EST:     GATTCTGTGGTGGTAACTGAACTCTCCAAGCCCCTCACTCCTTATTGCAG                         ATGTTGGAGATCAGGGACTTTTCCTCTATGTGATGGAAGCCATGTAAAGCA
genomic: GATTCTGTGGTGGTAACTGAACTCTCCAAGCCCCTCACTCCTTATTGCAGgtaaggttca ... ttgggtgcagATGTTGGAGATCAGGGACTTTTCCTCTATGTGATGGAAGCCATGTAAAGCA
EST: gi|10238195|gb|BE807083.1|BE807083
EST:     GATTCTGTGGTGGTAACTGAACTCTCCAAGCCCCTCACTCCTTATTGCAG                         ATGTTGGAGATCAGGGACTTTTCCTCTATGTGATGGAAGCCATGTAAAGCA
genomic: GATTCTGTGGTGGTAACTGAACTCTCCAAGCCCCTCACTCCTTATTGCAGgtaaggttca ... ttgggtgcagATGTTGGAGATCAGGGACTTTTCCTCTATGTGATGGAAGCCATGTAAAGCA
EST: gi|31460044|gb|CD402072.1|CD402072
EST:     GATTCTGTGGTGGTAACTGAACTCTCCAAGCCCCTCACTCCTTATTGCAG                         ATGTTGGAGATCAGGGACTTTTCCTCTATGTGATGGAAGCCATGTTAAGCA
genomic: GATTCTGTGGTGGTAACTGAACTCTCCAAGCCCCTCACTCCTTATTGCAGgtaaggttca ... ttgggtgcagATGTTGGAGATCAGGGACTTTTCCTCTATGTGATGGAAGCCATGTAAAGCA
EST: gi|31469369|gb|CD411397.1|CD411397
EST:     GATTTTGTGGTGGTAACTGAACTCTCCAAGCCCCTCACTCCTTATTCCAG                         ATGTTGGAGATCACGGGACTTTTCCTCTATGTGATGGAAGCCATGTAAAGC
genomic: GATTCTGTGGTGGTAACTGAACTCTCCAAGCCCCTCACTCCTTATTGCAGgtaaggttca ... ttgggtgcagATGTTGGAGATCA-GGGACTTTTCCTCTATGTGATGGAAGCCATGTAAAGC
EST: gi|5760255|gb|AI965618.1|AI965618
EST:     GATTCTGTGGTGGTAACTGAACTCTCCAAGCCCCTCACTCCTTATTGCAG                         ATGTTGGAGATCAGGGACTTTTCCTCTATGTGATGGAAGCCATGTAAAGCA
genomic: GATTCTGTGGTGGTAACTGAACTCTCCAAGCCCCTCACTCCTTATTGCAGgtaaggttca ... ttgggtgcagATGTTGGAGATCAGGGACTTTTCCTCTATGTGATGGAAGCCATGTAAAGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgtttgatgcaatttgaattccaaaaatcttatctttctgagtgcttgggtgcagATGTTGGAGATCAGGGACTTTTCCTCTATGTGATGGAAGCCATGTAAAGCACAACAAAGCCACCGGAGATAATGTTGGCCCTCTTCTTTTGAAAAAGTAA
 gtttgat  putative branch site (score: 5)
                      aaaaatcttatcttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
cttgtatcaagtggaaagtcttgattttcccctatctatagtgtgtgtttgatgcaatttgaattccaaaaatcttatctttctgagtgcttgggtgcagATGTTGGAGATCAGGGACTTTTCCTCTATGTGATGGAAGCCATGTAAAGCACAACAAAGCCACCGGAGATAATGTTGGCCCTCTTCTTTTGAAAAAGTAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - -caagtgg
- - - - - - - - - - - - -tttcccc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgtgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatgca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgaattc