Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...tctaaatataaataaagtctatgtagattttacactctgactcccgaatactttactatttatgactaaactggtatacttaccaataagttaacaatagGTAACACGTCTCAAGTGTGGTGGTTTCATCTTTGCACTCCGAATGAATCATACTATATGTGATGGAAGTGGAATTTGCCAATTTCTGAAGGCGTTATCAG
Basic information
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G32720.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.gaatactttactatttatgactaaactggtatacttaccaataagttaacaatagGTAACACGTCTCAAGTGTGGTGGTTTCATCTTTGCACTCCGAATGAATCATACTATATGTGATGGAAGTGGAATTTGCCAATTTCTGAAGGCGTTATCAG
aataagttaacaata TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
tctaaatataaataaagtctatgtagattttacactctgactcccgaatactttactatttatgactaaactggtatacttaccaataagttaacaatagGTAACACGTCTCAAGTGTGGTGGTTTCATCTTTGCACTCCGAATGAATCATACTATATGTGATGGAAGTGGAATTTGCCAATTTCTGAAGGCGTTATCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - -aaataaa
- - - - - - - - gtctatg
- - - - - - - - - - - - - - - tacactc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ctcccga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - cttacca