Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...acttttaattattcgttatttatgtagtattcatataaggtgagtttctatttattttatttgatgttgagttgctaactaacttcacttaaatatctagGCTTGCAAAGAAATGGGAAGAGCTGTAGACTAAGGTGGATTAACTACTTGAGGCCAGGATTGAAGAGAGGGGTGTTCAGCAAACATGAGGAAGATACAAT
Basic information
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G31280.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Orthologous splice sites
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence
upper sequence: GLYMA16G31280.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv16s0050g00050.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
acttttaattattcgttatttatgtagtattcatataaggtgagtttctatttattttat-ttgatgttgagttgctaactaacttcacttaaatatctagGCTTGCAAAGAAATGGGAAGAGCTGTAGACTAAGGTGGATTAACTACTTGAGGCCAGGATTGAAGAGAGGGGTGTTCAGCAAACATGAGGAAGATACAAT
| || ||| | | ||| || | | |||| | ||| | || | | || || | | | | || | | ||| |||||||| ||||| |||||||| ||| ||||||||||||||||||| || |||||||| || | ||| |||| | | | |||||||| || ||
atgttcttttagt-gccattgttgcatgttacataccatatgatcacatgttggtctagcattaatatgccttgattctttgaccttgtggtgcattgcagGTTTGCAAAGGAATGGAAAGAGCTGCAGATTAAGGTGGATTAACTACTTAAGACCAGGATTAAAACGCGGGATGTTTACGATCGAGGAGGAAGAGACGAT atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.ttctatttattttatttgatgttgagttgctaactaacttcacttaaatatctagGCTTGCAAAGAAATGGGAAGAGCTGTAGACTAAGGTGGATTAACTACTTGAGGCCAGGATTGAAGAGAGGGGTGTTCAGCAAACATGAGGAAGATACAAT
aactaac putative branch site (score: 1)
tttattttatttgatg TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
acttttaattattcgttatttatgtagtattcatataaggtgagtttctatttattttatttgatgttgagttgctaactaacttcacttaaatatctagGCTTGCAAAGAAATGGGAAGAGCTGTAGACTAAGGTGGATTAACTACTTGAGGCCAGGATTGAAGAGAGGGGTGTTCAGCAAACATGAGGAAGATACAAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - tatgtag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gatgttg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctaac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -acttcac