Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gcactgctttattgatgaaatgcaagatgttgatttgggtattatttgatttgtcgcttatggagaagaaaaatggctctgtctcttgttttgatttcagGGCCTTGTTTACAATGGAAATGACACCTTATTTGAGTCAACTGGTCTTTATGGGAAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G29760.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA16G29760.2 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: PP1S51_54V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 1
gcactgctttattgatgaaatgcaagatgttgatttggg-tatt-atttgatttgtcgcttatggagaagaaaaatggctctgtctcttgttttgatttcagGGCCTTGTTTACAATGGAAATGACACCTTATTTGAGTCAACTGGTCTTTATGGGAAG
  ||| |     |   | |    |     | |   |||| || | ||   ||| ||   |  |        |        |  |    ||| |   |  ||||| ||  ||||| ||||||||||||| || | ||||||||| ||||||||||| | |
--actaccaagctttcgcaccctattcactcgtcatggggtactgatacaattggttaatcgtcagtgcttacctctaaacaatgcaatgtatgtttggcagGGACTATTTTACGATGGAAATGACACATTTTATGAGTCAACCGGTCTTTATGGCAGG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttgatttgtcgcttatggagaagaaaaatggctctgtctcttgttttgatttcagGGCCTTGTTTACAATGGAAATGACACCTTATTTGAGTCAACTGGTCTTTATGGGAAG
                                           ttttgat  putative branch site (score: 4)
                               ctctgtctcttgtttt  CT-rich tract
                    aagaaaaat  TA-rich tract