Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agtttcagtatttgttggtatgtgtgtgtatataagtgtttatatgctgccttgtgtgtggattgttccaactaaatttggcaccaaaaaatgtgagcagGAAGTGGATTTTGGCATGGAATGGTTATCAGTGTTTGTGGAAGACTGTTTCTCTAGTAGGCCAAGTTGCCTCTTGCCACCCTCTGGTGGTGGTGTTCAAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA16G26870.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298167510|gb|HO012773.1|HO012773
EST:     GTCAGCAAGAGCTTCCCACCCTTGATGACCTTTTCTGTCATCAGAACACG                         GAAGTGGATTTTGGCATGGAATGGTTATCAGTGTTTGTGGAAGACTGTTTC
genomic: GTCAGCAAGAGCTTCCCACCCTTGATGACCTTTTCTGTCATCAGAACACGgttagtagtg ... atgtgagcagGAAGTGGATTTTGGCATGGAATGGTTATCAGTGTTTGTGGAAGACTGTTTC
EST: gi|298183379|gb|HO028592.1|HO028592
EST:     GTCAGCAAGAGCTTCCCACCCTTGATGACCTTTTCTGTCGTCAGAACACG                         GAAGTGGATTTTGGCATGGAATGGTTATCAGTGTTTGTGGAAGACTGTTTC
genomic: GTCAGCAAGAGCTTCCCACCCTTGATGACCTTTTCTGTCATCAGAACACGgttagtagtg ... atgtgagcagGAAGTGGATTTTGGCATGGAATGGTTATCAGTGTTTGTGGAAGACTGTTTC
EST: gi|298172540|gb|HO019580.1|HO019580
EST:     GTCAGCAAGAGCTTCCCACCCTTGATGACCTTTTCTGTCATCATAACACG                         GAAGTGGATTTTGGCATGGAATGGTTATCAGTGTTTGTGGAAGACCGTTTC
genomic: GTCAGCAAGAGCTTCCCACCCTTGATGACCTTTTCTGTCATCAGAACACGgttagtagtg ... atgtgagcagGAAGTGGATTTTGGCATGGAATGGTTATCAGTGTTTGTGGAAGACTGTTTC
EST: gi|298182376|gb|HO026551.1|HO026551
EST:     GTCAGCAAGAGCTTCCCACCCTTGATGACCTTTTCTGTCATCAGAACACG                         GAAGTGGATTTTGGCATGGAATGGCTATCAGTGTTTGTGGAGGACTGTTTC
genomic: GTCAGCAAGAGCTTCCCACCCTTGATGACCTTTTCTGTCATCAGAACACGgttagtagtg ... atgtgagcagGAAGTGGATTTTGGCATGGAATGGTTATCAGTGTTTGTGGAAGACTGTTTC
EST: gi|213618412|gb|DB963369.1|DB963369
EST:     GTCAGCAAGAGCTTCCCACCCTTGATGACCTTTTCTGTCATCAGAACACG                         GAAGTGGATTTTGGCATGGAATGGTTATCAGTGTTTGTGGAAGACTGTTTC
genomic: GTCAGCAAGAGCTTCCCACCCTTGATGACCTTTTCTGTCATCAGAACACGgttagtagtg ... atgtgagcagGAAGTGGATTTTGGCATGGAATGGTTATCAGTGTTTGTGGAAGACTGTTTC
EST: gi|298192006|gb|HO036088.1|HO036088
EST:     GTCAGCAAGAGCTTCCCACCCTTGATGACCTTTTCCGTCATCAGAACACG                         GAAGTGGATTTTGGCATGGAATGGTTATCAGTGTTTGTGGAAGACTGTTTC
genomic: GTCAGCAAGAGCTTCCCACCCTTGATGACCTTTTCTGTCATCAGAACACGgttagtagtg ... atgtgagcagGAAGTGGATTTTGGCATGGAATGGTTATCAGTGTTTGTGGAAGACTGTTTC
EST: gi|208239923|gb|GE038225.1|GE038225
EST:     GTCAGCAAGAGCTTCCCACCCTTGATGACCTTTTCTGTCATCAGAACACG                         GAAGTGGATTTTGGCATGGAATGGTTATCAGTGTTTGTGGAAGACTGTTTC
genomic: GTCAGCAAGAGCTTCCCACCCTTGATGACCTTTTCTGTCATCAGAACACGgttagtagtg ... atgtgagcagGAAGTGGATTTTGGCATGGAATGGTTATCAGTGTTTGTGGAAGACTGTTTC
EST: gi|298188020|gb|HO031977.1|HO031977
EST:     GTCAGCAAGAGCTTCCCACCCTTGATGACCTTTTCTGTCATCAGAACACG                         GAAGTGGATTTTGGCATGGAATGGTTATCAGTGTTTGTGGAAGACTGTTTC
genomic: GTCAGCAAGAGCTTCCCACCCTTGATGACCTTTTCTGTCATCAGAACACGgttagtagtg ... atgtgagcagGAAGTGGATTTTGGCATGGAATGGTTATCAGTGTTTGTGGAAGACTGTTTC
EST: gi|193674535|gb|FK618187.1|FK618187
EST:     GTCAGCAAGAGCTTCCCACCCTTGATGACCTTTTCTGTCATCAGAACACG                         GAAGTGGATTTTGGCATGGAATGGTTATCAGTGTTTGTGGAAGACTGTTTC
genomic: GTCAGCAAGAGCTTCCCACCCTTGATGACCTTTTCTGTCATCAGAACACGgttagtagtg ... atgtgagcagGAAGTGGATTTTGGCATGGAATGGTTATCAGTGTTTGTGGAAGACTGTTTC
EST: gi|192296173|gb|FG991543.1|FG991543
EST:     GTCAGCAAGAGCTTCCCACCCTTGATGACCTTTTCTGTCATCAGAACACG                         GAAGTGGATTTTGGCATGGAATGGTTATCAGTGTTTGTGGAAGACTGTTTC
genomic: GTCAGCAAGAGCTTCCCACCCTTGATGACCTTTTCTGTCATCAGAACACGgttagtagtg ... atgtgagcagGAAGTGGATTTTGGCATGGAATGGTTATCAGTGTTTGTGGAAGACTGTTTC
EST: gi|193532221|gb|FK490165.1|FK490165
EST:     GTCAGCAAGAGCTTCCCACCCTTGATGACCTTTTCTGTCATCAGAACACG                         GAAGTGGATTTTGGCATGGAATGGTTATCAGTGTTTGTGGAAGACTGTTTC
genomic: GTCAGCAAGAGCTTCCCACCCTTGATGACCTTTTCTGTCATCAGAACACGgttagtagtg ... atgtgagcagGAAGTGGATTTTGGCATGGAATGGTTATCAGTGTTTGTGGAAGACTGTTTC
EST: gi|298164024|gb|HO013669.1|HO013669
EST:     GTCAGCAAGAGCTTCCCACCCTTGATGACCTTTTCTGTCATCAGAACACG                         GAAGTGGATTTTGGCATGGAATGGTTATCAGTGTTTGTGGAAGACTGTTTC
genomic: GTCAGCAAGAGCTTCCCACCCTTGATGACCTTTTCTGTCATCAGAACACGgttagtagtg ... atgtgagcagGAAGTGGATTTTGGCATGGAATGGTTATCAGTGTTTGTGGAAGACTGTTTC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gctgccttgtgtgtggattgttccaactaaatttggcaccaaaaaatgtgagcagGAAGTGGATTTTGGCATGGAATGGTTATCAGTGTTTGTGGAAGACTGTTTCTCTAGTAGGCCAAGTTGCCTCTTGCCACCCTCTGGTGGTGGTGTTCAAA
                        aactaaa  putative branch site (score: 2)
                        aactaaattt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
agtttcagtatttgttggtatgtgtgtgtatataagtgtttatatgctgccttgtgtgtggattgttccaactaaatttggcaccaaaaaatgtgagcagGAAGTGGATTTTGGCATGGAATGGTTATCAGTGTTTGTGGAAGACTGTTTCTCTAGTAGGCCAAGTTGCCTCTTGCCACCCTCTGGTGGTGGTGTTCAAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - -gttggta
- - - - - - - - - - -gtgtgtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccaacta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -caccaaa