1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...caggaatgctgtccagaaatgaaattagtgtggaaaaaaaaaccttatttttttctatacttaatataacgttttactttttatattttaatcttttcagGAGAGGAATTGGGACAACCAAATTATGCTGTACCATTTTTAGCTCCAAATGCAACAGGAAAAACCATACTCAGTGGAGTGAATTATGCTTCAGGAGGAGG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G26020.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AAATCCCACTGGTCGCTACACCAATGGAAGAACCATTGGTGATTTAGTAG GAGAGGAATTGGGACAACCAAATTATGCTGTACCATTTTTAGCTCCAAATGEST: gi|308098153|gb|HO761324.1|HO761324
genomic: AAATCCCACTGGTCGCTACACCAATGGAAGAACCATTGGTGATTTAGTAGgtaatattgt ... atcttttcagGAGAGGAATTGGGACAACCAAATTATGCTGTACCATTTTTAGCTCCAAATG
EST: AAATCCCACTGGTCGCTACACCAATGGAAGAACCATTGGTGATTTAGTAG GAGAGGAATTGGGACAACCAAATTATGCTGT
genomic: AAATCCCACTGGTCGCTACACCAATGGAAGAACCATTGGTGATTTAGTAGgtaatattgt ... atcttttcagGAGAGGAATTGGGACAACCAAATTATGCTGT
tatttttttctatacttaatataacgttttactttttatattttaatcttttcagGAGAGGAATTGGGACAACCAAATTATGCTGTACCATTTTTAGCTCCAAATGCAACAGGAAAAACCATACTCAGTGGAGTGAATTATGCTTCAGGAGGAGG
ttttaat putative branch site (score: 3)
tcttttc CT-rich tract
ttttctatacttaata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| caggaatgctgtccagaaatgaaattagtgtggaaaaaaaaaccttatttttttctatacttaatataacgttttactttttatattttaatcttttcagGAGAGGAATTGGGACAACCAAATTATGCTGTACCATTTTTAGCTCCAAATGCAACAGGAAAAACCATACTCAGTGGAGTGAATTATGCTTCAGGAGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG