1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...gacctacacatttggtatcaagattgaatcatggtttactctttcgatttatctttcccatgattacaaggtgaatatgttgaataatgttgtttttcagGACTAATTTTGGTGGCGAGAGGTTGAAGCTGTTTTCGGGGTCATGTTACCTACCACATCCGGATAAGGAGGACACAGGTGGAGAGGATGCACATTTTATT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G25560.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ACAACGCCGCATGTTCAGCACCTCGCAACCTCCACCTTCTCGATTGACCA GACTAATTTTGGTGGCGAGAGGTTGAAGCTGTTTTCGGGGTCATGTTACCTEST: gi|51345245|gb|CO985978.1|CO985978
genomic: ACAACGCCGCATGTTCAGCACCTCGCAACCTCCACCTTCTCGATTGACCAgtacgtgtgt ... tgtttttcagGACTAATTTTGGTGGCGAGAGGTTGAAGCTGTTTTCGGGGTCATGTTACCT
EST: ACAACGCCGCATGTTCAGCACCTCGCAACCTCCACCTTCTCGATTGACCA GACTAATTTTGGTGGCGAGAGGTTGAAGCTGTTTTCGGGGTCATGTTACCT
genomic: ACAACGCCGCATGTTCAGCACCTCGCAACCTCCACCTTCTCGATTGACCAgtacgtgtgt ... tgtttttcagGACTAATTTTGGTGGCGAGAGGTTGAAGCTGTTTTCGGGGTCATGTTACCT
gatttatctttcccatgattacaaggtgaatatgttgaataatgttgtttttcagGACTAATTTTGGTGGCGAGAGGTTGAAGCTGTTTTCGGGGTCATGTTACCTACCACATCCGGATAAGGAGGACACAGGTGGAGAGGATGCACATTTTATT
ttgtttttc CT-rich tract
aatatgttgaataat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gacctacacatttggtatcaagattgaatcatggtttactctttcgatttatctttcccatgattacaaggtgaatatgttgaataatgttgtttttcagGACTAATTTTGGTGGCGAGAGGTTGAAGCTGTTTTCGGGGTCATGTTACCTACCACATCCGGATAAGGAGGACACAGGTGGAGAGGATGCACATTTTATT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- -ctacaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgttgaa