Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...tgaggctgatatctctatcataatggacatgttttatgattacattattacaacttgactttgttattattttctcacatttctattgaacattggacagGACATGGCAGCAGATGAAGATATGTCAGCTTTGAAGTCTAAGCTGAGCCAATCAAATGAAACTTGGAAGAAGGAGATGGAAAGAAGCCAATCTCAAGTGG
Basic information
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G23960.2 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Mapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|209711831|gb|BW674091.1|BW674091EST: TCTTCCAACCAG GACATGGCAGCAGATGAAGATATGTCAGCTTTGAAGTCTAAGCTGAGCCAA
genomic: TCTTCCAACCAGgttctctctc ... cattggacagGACATGGCAGCAGATGAAGATATGTCAGCTTTGAAGTCTAAGCTGAGCCAA
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.tattacaacttgactttgttattattttctcacatttctattgaacattggacagGACATGGCAGCAGATGAAGATATGTCAGCTTTGAAGTCTAAGCTGAGCCAATCAAATGAAACTTGGAAGAAGGAGATGGAAAGAAGCCAATCTCAAGTGG
ttctcac putative branch site (score: 2)
actttgttattatttt TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
tgaggctgatatctctatcataatggacatgttttatgattacattattacaacttgactttgttattattttctcacatttctattgaacattggacagGACATGGCAGCAGATGAAGATATGTCAGCTTTGAAGTCTAAGCTGAGCCAATCAAATGAAACTTGGAAGAAGGAGATGGAAAGAAGCCAATCTCAAGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- aggctga
- - - - - - - - - - - - -gacatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gactttg