1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
...actaacaattatcatttgccctaaaaaaaaaattcagacacattatattaaaccttttcttttctgatctctttttgtttttaatgcaatgtaattgcagACTATGCCAGGTTTAAGTGCTTACGCTGAGAATCCACAAGATGCTGCAGAATCTCTTATTCCACTTTTGGAGGAAGCAGAAGCTGCTGTTCCTCAGGAGT
species | Glycine max |
transcript | GLYMA16G04770.4 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AACAATTAGATCTCCTTCGCATTGGCCAAGACCTTGAGTTGTTTGTCAAG ACTATGCCAGGTTTAAGTGCTTACGCTGAGAATCCACAAGATGCTGCAGAAEST: gi|9902312|gb|BE611280.1|BE611280
genomic: AACAATTAGATCTCCTTCGCATTGGCCAAGACCTTGAGTTGTTTGTCAAGgtacttatca ... gtaattgcagACTATGCCAGGTTTAAGTGCTTACGCTGAGAATCCACAAGATGCTGCAGAA
EST: AACAATTAGATCTCCTTCGCATTGGCCAAGACCTTGAGTTGTTTGTCAAG ACTATGCCAGGTTTAAGTGCTTACGCTGAGAATCCACAAGATGCTGCAGAAEST: gi|8827838|gb|BE211568.1|BE211568
genomic: AACAATTAGATCTCCTTCGCATTGGCCAAGACCTTGAGTTGTTTGTCAAGgtacttatca ... gtaattgcagACTATGCCAGGTTTAAGTGCTTACGCTGAGAATCCACAAGATGCTGCAGAA
EST: AACAATTAGATCTCCTTCGCATTGGCCAAGACCTTGAGTTGTTTGTCAAG ACTATGCCAGGTTTAAGTGCTTACGCTGAGAATCCACAAGATGCTGCAGAAEST: gi|7326536|gb|AW620334.1|AW620334
genomic: AACAATTAGATCTCCTTCGCATTGGCCAAGACCTTGAGTTGTTTGTCAAGgtacttatca ... gtaattgcagACTATGCCAGGTTTAAGTGCTTACGCTGAGAATCCACAAGATGCTGCAGAA
EST: AACAATTAGATCTCCTTCGCATTGGCCAAGACCTTGAGTTGTTTGTCAAG ACTATGCCAGGTTTAAGTGCTTACGCTGAGAATCCACAAGATGCTGCAGAAEST: gi|23732353|gb|BU764336.1|BU764336
genomic: AACAATTAGATCTCCTTCGCATTGGCCAAGACCTTGAGTTGTTTGTCAAGgtacttatca ... gtaattgcagACTATGCCAGGTTTAAGTGCTTACGCTGAGAATCCACAAGATGCTGCAGAA
EST: AACAATTAGATCTCCTTCGCATTGGCCAAGACCTTGAGTTGTTTGTCAAG ACTATGCCAGGTTTAAGTGCTTACGCTGAGAATCCACAAGATGCTGCAGAAEST: gi|151409575|gb|EV279383.1|EV279383
genomic: AACAATTAGATCTCCTTCGCATTGGCCAAGACCTTGAGTTGTTTGTCAAGgtacttatca ... gtaattgcagACTATGCCAGGTTTAAGTGCTTACGCTGAGAATCCACAAGATGCTGCAGAA
EST: AACAATTAGACCTCCTTCGCATTGGCCAAGACCTTGAGTTGTTTGTCAAG ACTATGCCAGGTTTAAGTGCTTACGCTGAGAATCCACAAGATGCTGCAGAAEST: gi|19934529|gb|BQ079559.1|BQ079559
genomic: AACAATTAGATCTCCTTCGCATTGGCCAAGACCTTGAGTTGTTTGTCAAGgtacttatca ... gtaattgcagACTATGCCAGGTTTAAGTGCTTACGCTGAGAATCCACAAGATGCTGCAGAA
EST: AACAATTAGATCTCCTTCGCATTGGCCAAGACCTTGAGTTGTTTGTCAAG ACTATGCCAGGTTTAAGTGCTTACGCTGAGAATCCACAAGATGCTGCAGAA
genomic: AACAATTAGATCTCCTTCGCATTGGCCAAGACCTTGAGTTGTTTGTCAAGgtacttatca ... gtaattgcagACTATGCCAGGTTTAAGTGCTTACGCTGAGAATCCACAAGATGCTGCAGAA
tattaaaccttttcttttctgatctctttttgtttttaatgcaatgtaattgcagACTATGCCAGGTTTAAGTGCTTACGCTGAGAATCCACAAGATGCTGCAGAATCTCTTATTCCACTTTTGGAGGAAGCAGAAGCTGCTGTTCCTCAGGAGT
ttttaat putative branch site (score: 3)
tctttttgtttttaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| actaacaattatcatttgccctaaaaaaaaaattcagacacattatattaaaccttttcttttctgatctctttttgtttttaatgcaatgtaattgcagACTATGCCAGGTTTAAGTGCTTACGCTGAGAATCCACAAGATGCTGCAGAATCTCTTATTCCACTTTTGGAGGAAGCAGAAGCTGCTGTTCCTCAGGAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT