1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...aaataaacttcgggatctaagttttgtgctttatttttgtctttcttatttgtgaggcattttgggtattgcattatgtgtaatggtgtaatgcatgcagGCTGCAAGGAATGCTGGTGTACCAGTAGTGATGGATGCTGGGGGCATGGATGGGCCAATTCCGCCACAATTATTGAAATTTGTTGATATTTTGAGTCCTA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA15G38510.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TTTTGCTGCAGAGGGAGATCCCTGATGCTGTCAACGTTCAAGTCGCACAG GCTGCAAGGAATGCTGGTGTACCAGTAGTGATGGATGCTGGGGGCATGGATEST: gi|57574195|gb|CX547170.1|CX547170
genomic: TTTTGCTGCAGAGGGAGATCCCTGATGCTGTCAACGTTCAAGTCGCACAGgttgggccgg ... atgcatgcagGCTGCAAGGAATGCTGGTGTACCAGTAGTGATGGATGCTGGGGGCATGGAT
EST: CTGCAGAGGGAGATCCCTGATGCTGTCAACGTTCAAGTCGCACAG GCTGCAAGGAATGCTGGTGTACCAGTAGTGATGGATGCTGGGGGCATGGAT
genomic: CTGCAGAGGGAGATCCCTGATGCTGTCAACGTTCAAGTCGCACAGgttgggccgg ... atgcatgcagGCTGCAAGGAATGCTGGTGTACCAGTAGTGATGGATGCTGGGGGCATGGAT
ttatttgtgaggcattttgggtattgcattatgtgtaatggtgtaatgcatgcagGCTGCAAGGAATGCTGGTGTACCAGTAGTGATGGATGCTGGGGGCATGGATGGGCCAATTCCGCCACAATTATTGAAATTTGTTGATATTTTGAGTCCTA
attatgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaataaacttcgggatctaagttttgtgctttatttttgtctttcttatttgtgaggcattttgggtattgcattatgtgtaatggtgtaatgcatgcagGCTGCAAGGAATGCTGGTGTACCAGTAGTGATGGATGCTGGGGGCATGGATGGGCCAATTCCGCCACAATTATTGAAATTTGTTGATATTTTGAGTCCTA
aaataaa
- - - - - - - - - - - tttgtgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggcattt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgcatta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatggtg