1 5' 3' |
...acatagtagaagtaatttggtgttttcttttgaatggaacattgttacattgccatgatttttgtagaaagttagcttattgtgtatacctgtgaaacagATGATGATTTCAGAGAATTTGTTGATGGGGTCCCTAGAGGTTGCAGGATCACAATTGTGTCTGATTCTTGCCACAGTGGTGGCCTACTTGAAGAAGCTAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA15G31750.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CACTGGTTATGATGAATGCATTGTTCCTTCTGACATGAACCTTATCACCG ATGATGATTTCAGAGAATTTGTTGATGGGGTCCCTAGAGGTTGCAGGATCAEST: gi|4291685|gb|AI441797.1|AI441797
genomic: CACTGGTTATGATGAATGCATTGTTCCTTCTGACATGAACCTTATCACCGgttggttctt ... tgtgaaacagATGATGATTTCAGAGAATTTGTTGATGGGGTCCCTAGAGGTTGCAGGATCA
EST: CACTGGTTATGATGAATGCATTGTTCCTTCTGACATGAACCTTATCACCG ATGATGATTTCAGAGAATTTGTTGATGGGGTCCCTAGAGGTTGCAGGATCAEST: gi|213600675|gb|DB956193.1|DB956193
genomic: CACTGGTTATGATGAATGCATTGTTCCTTCTGACATGAACCTTATCACCGgttggttctt ... tgtgaaacagATGATGATTTCAGAGAATTTGTTGATGGGGTCCCTAGAGGTTGCAGGATCA
EST: CACTGGTTATGATGAATGCATTGTTCCTTCTGACATGAACCTTATCACCG ATGATGATTTCAGAGAATTTGTTGATGGGGTCCCTAGAGGTTGCAGGATCA
genomic: CACTGGTTATGATGAATGCATTGTTCCTTCTGACATGAACCTTATCACCGgttggttctt ... tgtgaaacagATGATGATTTCAGAGAATTTGTTGATGGGGTCCCTAGAGGTTGCAGGATCA
tacattgccatgatttttgtagaaagttagcttattgtgtatacctgtgaaacagATGATGATTTCAGAGAATTTGTTGATGGGGTCCCTAGAGGTTGCAGGATCACAATTGTGTCTGATTCTTGCCACAGTGGTGGCCTACTTGAAGAAGCTAA
atgattttt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| acatagtagaagtaatttggtgttttcttttgaatggaacattgttacattgccatgatttttgtagaaagttagcttattgtgtatacctgtgaaacagATGATGATTTCAGAGAATTTGTTGATGGGGTCCCTAGAGGTTGCAGGATCACAATTGTGTCTGATTCTTGCCACAGTGGTGGCCTACTTGAAGAAGCTAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - -tttggtg
- - - - - - - - - - - - - - - tgaatgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cattgcc