Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tgaagctagttgacttgctgagattttgaaacgtcttcatgaggtgcctttaattaaggaatgttctgatcctgtaccctgtggcctgtgtttttcttagGAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAACGTGTTGCGGTCAAATACTTCTCTGAAGACTGGCCGACAAATAGTGCCA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G13190.3
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|298178201|gb|HO023936.1|HO023936
EST:     AAATTTTGGTTGAGTGAGAGGCTTGTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCAT                         GAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAA
genomic: AAATTTTGGTTGAGTGAGAGGCTTGTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCATgtaagtctct ... tttttcttagGAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAA
EST: gi|298190231|gb|HO032352.1|HO032352
EST:     AAATTTTGGTTGAGTGAGAGGCTTGTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCAT                         GAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATCGGAAA
genomic: AAATTTTGGTTGAGTGAGAGGCTTGTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCATgtaagtctct ... tttttcttagGAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAA
EST: gi|151408791|gb|EV278599.1|EV278599
EST:     GAGGCTTGTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCAT                         GAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAA
genomic: GAGGCTTGTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCATgtaagtctct ... tttttcttagGAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAA
EST: gi|192325778|gb|FK018000.1|FK018000
EST:     AAATTTTGGTTGAGTGAGAGGCTTGTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCAT                         GAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAA
genomic: AAATTTTGGTTGAGTGAGAGGCTTGTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCATgtaagtctct ... tttttcttagGAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAA
EST: gi|41145498|gb|CK605709.1|CK605709
EST:     AAATTTTGGTTGAGTGAGAGGCTTGTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCAT                         GAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAA
genomic: AAATTTTGGTTGAGTGAGAGGCTTGTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCATgtaagtctct ... tttttcttagGAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAA
EST: gi|58014334|gb|CX701076.1|CX701076
EST:     GGCTNGTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCAT                         GAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAA
genomic: GGCTTGTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCATgtaagtctct ... tttttcttagGAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAA
EST: gi|151408109|gb|EV277917.1|EV277917
EST:     AAATTTTGGTTGAGTGAGAGGCTTGTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCAT                         GAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAA
genomic: AAATTTTGGTTGAGTGAGAGGCTTGTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCATgtaagtctct ... tttttcttagGAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAA
EST: gi|192294109|gb|FG986198.1|FG986198
EST:     AAATTTTGGTTGAGTGAGAGGCTTGTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCAT                         GAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAA
genomic: AAATTTTGGTTGAGTGAGAGGCTTGTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCATgtaagtctct ... tttttcttagGAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAA
EST: gi|298194358|gb|HO041006.1|HO041006
EST:     AAATTTTGGTTGAGTGAGAGGCTTGTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCAT                         GAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAA
genomic: AAATTTTGGTTGAGTGAGAGGCTTGTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCATgtaagtctct ... tttttcttagGAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAA
EST: gi|8402161|gb|BE057795.1|BE057795
EST:     GTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCAT                         GAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAA
genomic: GTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCATgtaagtctct ... tttttcttagGAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAA
EST: gi|58017732|gb|CX704474.1|CX704474
EST:     GGCTTGTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCAT                         GAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAA
genomic: GGCTTGTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCATgtaagtctct ... tttttcttagGAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAA
EST: gi|14258489|gb|BG881397.1|BG881397
EST:     AAATTTTGGTTGAGTGAGAGGCTTGTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCAT                         GAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAA
genomic: AAATTTTGGTTGAGTGAGAGGCTTGTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCATgtaagtctct ... tttttcttagGAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAA
EST: gi|298175562|gb|HO018273.1|HO018273
EST:     AAATTTTGGTTGAGTGAGAGGCTTGTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCAT                         GAGACATGCCCTTCTGTAAAGAGTGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAA
genomic: AAATTTTGGTTGAGTGAGAGGCTTGTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCATgtaagtctct ... tttttcttagGAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAA
EST: gi|298175469|gb|HO015102.1|HO015102
EST:     AAATTTTGGTTGAGTGAGAGGCTTGTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCAT                         GATACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAA
genomic: AAATTTTGGTTGAGTGAGAGGCTTGTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCATgtaagtctct ... tttttcttagGAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAA
EST: gi|209704905|gb|BW661708.1|BW661708
EST:     GAGAGGCTTGTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCAT                         GAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAA
genomic: GAGAGGCTTGTCTTTGTTCCGCTACCATGTCTCATgtaagtctct ... tttttcttagGAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gcctttaattaaggaatgttctgatcctgtaccctgtggcctgtgtttttcttagGAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAACGTGTTGCGGTCAAATACTTCTCTGAAGACTGGCCGACAAATAGTGCCA
                  ttctgat  putative branch site (score: 3)
                                       cctgtgtttttctt  putative PPT
                                             tttttctta  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tgaagctagttgacttgctgagattttgaaacgtcttcatgaggtgcctttaattaaggaatgttctgatcctgtaccctgtggcctgtgtttttcttagGAGACATGCCCTTCTGTAAAGAATGTCCTTCTTTTGGATTCCGATGGGAAACGTGTTGCGGTCAAATACTTCTCTGAAGACTGGCCGACAAATAGTGCCA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - ttgctga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - tcatgag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ggaatgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctgatcc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ggcctgt