1 5' 3' |
...gttttgagtttctggacctattttctgtctaatgctctgaaatatgaagatacttcctaaggaagctgggcatcattaatatttggtcaattatttgcagTTGCTGTCCTTTTCCTTGCACTTATGATAGACAGACTACATCATTACATAAGAGAACTGCGGATTCGAAGAAAAGGCATGGAAGCTGTGAAGAAACAAAC
species | Glycine max |
transcript | GLYMA15G11650.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CACCGATCAGGTTCTTATGGCCAAGCACCTCCTCGAAGCAACGCTCATGG TTGCTGTCCTTTTCCTTGCACTTATGATAGACAGACTACATCATTACATAAEST: gi|58021853|gb|CX708594.1|CX708594
genomic: CACCGATCAGGTTCTTATGGCCAAGCACCTCCTCGAAGCAACGCTCATGGgtatgtattt ... ttatttgcagTTGCTGTCCTTTTCCTTGCACTTATGATAGACAGACTACATCATTACATAA
EST: CACCGATCAGGTTCTTATGGCCAAGCACCTCCTCGAAGCAACGCTCATGG TTGCTGTCCTTTTCCTTGCACTTATGATAGACAGACTACATCATTACATAAEST: gi|17021748|gb|BM092782.1|BM092782
genomic: CACCGATCAGGTTCTTATGGCCAAGCACCTCCTCGAAGCAACGCTCATGGgtatgtattt ... ttatttgcagTTGCTGTCCTTTTCCTTGCACTTATGATAGACAGACTACATCATTACATAA
EST: CACCGATCAGGTTCTTATGGCCAAGCACCTCCTCGAAGCAACGCTCATGG TTGCTGTCCTTTTCCTTGCACTTATGATAGACAGACTACATCATTACATAAEST: gi|151404445|gb|EV274259.1|EV274259
genomic: CACCGATCAGGTTCTTATGGCCAAGCACCTCCTCGAAGCAACGCTCATGGgtatgtattt ... ttatttgcagTTGCTGTCCTTTTCCTTGCACTTATGATAGACAGACTACATCATTACATAA
EST: CACCGATCAGGTTCTTATGGCCAAGCACCTCCTCGAAGCAACGCTCATGG TTGCTGTCCTTTTCCTTGCACTTATGATAGACAGACTACATCATTACATAA
genomic: CACCGATCAGGTTCTTATGGCCAAGCACCTCCTCGAAGCAACGCTCATGGgtatgtattt ... ttatttgcagTTGCTGTCCTTTTCCTTGCACTTATGATAGACAGACTACATCATTACATAA
gaagatacttcctaaggaagctgggcatcattaatatttggtcaattatttgcagTTGCTGTCCTTTTCCTTGCACTTATGATAGACAGACTACATCATTACATAAGAGAACTGCGGATTCGAAGAAAAGGCATGGAAGCTGTGAAGAAACAAAC
cattaat putative branch site (score: 3)
attaatatttggtcaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttttgagtttctggacctattttctgtctaatgctctgaaatatgaagatacttcctaaggaagctgggcatcattaatatttggtcaattatttgcagTTGCTGTCCTTTTCCTTGCACTTATGATAGACAGACTACATCATTACATAAGAGAACTGCGGATTCGAAGAAAAGGCATGGAAGCTGTGAAGAAACAAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - -gtttctg
- - - - - - - - - - - ttctgtc
- - - - - - - - - - - - - - - aatgctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tatgaag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gaagctg