1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...ttcagccattgaaaatggaaaatattgtttgttgtttacatttgattggcacaatcttggtttatgtcagtgtggttaattcttctgaaatttgtgacagTGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACAATGCTGAGAAACGGGGGAAGCGCCAGGTCATGATTAGGCCATCCTCAAA
species | Glycine max |
transcript | GLYMA15G10950.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTTCTGCACCCGCGCCGTTTCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTG TGACAATGGTGAGGG-TAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACAEST: gi|192323577|gb|FK016408.1|FK016408
genomic: CTTCTGCACCCGCGCCGTTTCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTGgtaagatctg ... tttgtgacagTGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
EST: CTTCTGCACCCGCGCCGTTTCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTG TGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACAEST: gi|151396894|gb|EV266767.1|EV266767
genomic: CTTCTGCACCCGCGCCGTTTCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTGgtaagatctg ... tttgtgacagTGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
EST: CTTCTGCACCCGCGCCGTTTCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTG TGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACAEST: gi|192317203|gb|FK009790.1|FK009790
genomic: CTTCTGCACCCGCGCCGTTTCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTGgtaagatctg ... tttgtgacagTGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
EST: A-TCTTCTTCTGCACCCGCGCCGTTTCAGTGCTTTTACTCTGCTACCTTG TGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACAEST: gi|7233553|gb|AW568958.1|AW568958
genomic: AGTCTTCTTCTGCACCCGCGCCGTTTCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTGgtaagatctg ... tttgtgacagTGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
EST: TACTCTGCTACCTTG TGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACAEST: gi|10845853|gb|BF068889.1|BF068889
genomic: TACTCTGCTACCTTGgtaagatctg ... tttgtgacagTGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
EST: CGTTTCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTG TGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACAEST: gi|6719259|gb|AW306906.1|AW306906
genomic: CGTTTCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTGgtaagatctg ... tttgtgacagTGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
EST: TCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTG TGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACAEST: gi|7232716|gb|AW568070.1|AW568070
genomic: TCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTGgtaagatctg ... tttgtgacagTGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
EST: GCCGTTTCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTG TGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACAEST: gi|9439948|gb|BE440460.1|BE440460
genomic: GCCGTTTCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTGgtaagatctg ... tttgtgacagTGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
EST: TGTGCTTTTACTCTGCTACCTTG TGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACAEST: gi|6069985|gb|AW099565.1|AW099565
genomic: TGTGCTTTTACTCTGCTACCTTGgtaagatctg ... tttgtgacagTGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
EST: CGTTTCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTG TGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACAEST: gi|7233893|gb|AW569235.1|AW569235
genomic: CGTTTCTGTGCTTTTACTCTGCTACCTTGgtaagatctg ... tttgtgacagTGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
EST: GTGCTTTTACTCTGCTACCTTG TGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACAEST: gi|10238872|gb|BE807768.1|BE807768
genomic: GTGCTTTTACTCTGCTACCTTGgtaagatctg ... tttgtgacagTGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
EST: TTTTACTCTGCTACCTTG TGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
genomic: TTTTACTCTGCTACCTTGgtaagatctg ... tttgtgacagTGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACA
ttggcacaatcttggtttatgtcagtgtggttaattcttctgaaatttgtgacagTGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACAATGCTGAGAAACGGGGGAAGCGCCAGGTCATGATTAGGCCATCCTCAAA
ggttaat putative branch site (score: 4)
ttaattctt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttcagccattgaaaatggaaaatattgtttgttgtttacatttgattggcacaatcttggtttatgtcagtgtggttaattcttctgaaatttgtgacagTGACAATGGTGAGGGTTAGTGTGTTGAATGATGCTCTTAAGAGCATGTACAATGCTGAGAAACGGGGGAAGCGCCAGGTCATGATTAGGCCATCCTCAAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
-tcagcca
- - - - - - - - ggaaaata
- - - - - - - - - - - - -tgtttgt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -cagtgtg