1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gttgtgctctatactctcccattgtctctccgtctggttcagttcatataacgagtcttatgttcgtgttgtttttcttttagGGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA15G04670.2 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCCTCTGCTTCCTACACGCAG GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGEST: gi|213607965|gb|DB963023.1|DB963023
genomic: GCCTCTGCTTCCTACACGCAGgttgtgctct ... tttcttttagGGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG
EST: GCCTCTGCTTCCTACACGCAG GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGEST: gi|298178914|gb|HO024649.1|HO024649
genomic: GCCTCTGCTTCCTACACGCAGgttgtgctct ... tttcttttagGGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG
EST: GCCTCTGCTTCCTACACGCAG GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGEST: gi|298179054|gb|HO024789.1|HO024789
genomic: GCCTCTGCTTCCTACACGCAGgttgtgctct ... tttcttttagGGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG
EST: GGTGCCTCTGCTTCCTACACGCAG GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGTTCCTAAAGEST: gi|213611697|gb|DB969085.1|DB969085
genomic: GGTGCCTCTGCTTCCTACACGCAGgttgtgctct ... tttcttttagGGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG
EST: GGTGCCTCTGCTTCCTACACGCAG GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGEST: gi|209712413|gb|BW671265.1|BW671265
genomic: GGTGCCTCTGCTTCCTACACGCAGgttgtgctct ... tttcttttagGGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG
EST: GCCTCTGCTTCCTACACGCAG GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGEST: gi|209723033|gb|BW668879.1|BW668879
genomic: GCCTCTGCTTCCTACACGCAGgttgtgctct ... tttcttttagGGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG
EST: GCCTCTGCTTCCTACACGCAG GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGEST: gi|213619677|gb|DB965623.1|DB965623
genomic: GCCTCTGCTTCCTACACGCAGgttgtgctct ... tttcttttagGGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG
EST: GCCTCTGCTTCCTACACGCAG GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGEST: gi|192313125|gb|FK004701.1|FK004701
genomic: GCCTCTGCTTCCTACACGCAGgttgtgctct ... tttcttttagGGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG
EST: GCCTCTGCTTCCTACACGCAG GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGEST: gi|192313126|gb|FK004702.1|FK004702
genomic: GCCTCTGCTTCCTACACGCAGgttgtgctct ... tttcttttagGGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG
EST: GCCTCTGCTTCCTACACGCAG GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGEST: gi|213593833|gb|DB957953.1|DB957953
genomic: GCCTCTGCTTCCTACACGCAGgttgtgctct ... tttcttttagGGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG
EST: GGTGCCTCTGCTTCCTACACGCAG GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGEST: gi|298191234|gb|HO038713.1|HO038713
genomic: GGTGCCTCTGCTTCCTACACGCAGgttgtgctct ... tttcttttagGGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG
EST: TGCCTCTGCTTCCTACACGCAG GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAGEST: gi|298166750|gb|HO010189.1|HO010189
genomic: TGCCTCTGCTTCCTACACGCAGgttgtgctct ... tttcttttagGGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG
EST: CCTCTGCTTCCTACACGCAG GGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG
genomic: CCTCTGCTTCCTACACGCAGgttgtgctct ... tttcttttagGGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG
tccgtctggttcagttcatataacgagtcttatgttcgtgttgtttttcttttagGGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG
atataac putative branch site (score: 3)
tgttgtttttctttt putative PPT
ttgtttttctttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttgtgctctatactctcccattgtctctccgtctggttcagttcatataacgagtcttatgttcgtgttgtttttcttttagGGTTTCCCGAAGATTTAACACCTATGGCTCCTAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CGAAGA