Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   
3  
 5'  3'   
4  
 5'  3'   
5  
 5'  3'   
6  
 5'  3'   
7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agtgtgtgtgtgtgtgtctgtgtctgttttacttgatattttgggtgaacaagtgactattgactatttggtaatggaatttcattgttgtctttcttagGTGAGAAGTGGGTTGTGCGTGTGGCCAAATGTGAGACAACTTTGCTTTAGAAAAGGCATTCTATATGGGTTTATGCGATTGTTTTCTACTCCGTTGAAAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA15G03320.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|192296216|gb|FG989757.1|FG989757
EST:     AGATGCTCTCTAAGCCTTCATCTGCTATGCCCACTTTTCCTTCTTCCACG                         GTGAGAAGTGGGTTGTGCGTGTGGCCAAATGTGAGACAACTTTGCTTTAGA
genomic: AGATGCTCTCTAAGCCTTCATCTGCTATGCCCACTTTTCCTTCTTCCATGgtttgcctct ... tctttcttagGTGAGAAGTGGGTTGTGCGTGTGGCCAAATGTGAGACAACTTTGCTTTAGA
EST: gi|208261500|gb|GE059155.1|GE059155
EST:     AGATGCTCTCTAAGCCTTCATCTGCTATGCCCACTTTTCCTTCTTCCATG                         GTGAGAAGTGGGTTGTGCGTGTGGCCAAATGTGAGACAACTTTGCTTTAGA
genomic: AGATGCTCTCTAAGCCTTCATCTGCTATGCCCACTTTTCCTTCTTCCATGgtttgcctct ... tctttcttagGTGAGAAGTGGGTTGTGCGTGTGGCCAAATGTGAGACAACTTTGCTTTAGA
EST: gi|21594629|gb|BQ610215.1|BQ610215
EST:     CTGCTATGCCCACTTTTCCTTCTTCCATG                         GTGAGAAGTGGGTTGTGCGTGTGGCCAAATGTGAGACAACTTTGCTTTAGA
genomic: CTGCTATGCCCACTTTTCCTTCTTCCATGgtttgcctct ... tctttcttagGTGAGAAGTGGGTTGTGCGTGTGGCCAAATGTGAGACAACTTTGCTTTAGA
EST: gi|298180920|gb|HO022359.1|HO022359
EST:     AGATGCTCCCTAAGCCTTCATCTGCTATGCCCACTTTTCCTTCTTCCATG                         GTGAGAAGTAGGTTGTGCGTGTGGCCAAATGTGAGACAACTTTGCTTTAGA
genomic: AGATGCTCTCTAAGCCTTCATCTGCTATGCCCACTTTTCCTTCTTCCATGgtttgcctct ... tctttcttagGTGAGAAGTGGGTTGTGCGTGTGGCCAAATGTGAGACAACTTTGCTTTAGA
EST: gi|23731943|gb|BU764121.1|BU764121
EST:     AGATGCTCTCTAAGCCTTCATCTGCTATGCCCACTTTTCCTTCTTCCATG                         GTGAGAAGTGGGTTGTGCGTGTGGCCAAATGTGAGACAACTTTGCTTTAGA
genomic: AGATGCTCTCTAAGCCTTCATCTGCTATGCCCACTTTTCCTTCTTCCATGgtttgcctct ... tctttcttagGTGAGAAGTGGGTTGTGCGTGTGGCCAAATGTGAGACAACTTTGCTTTAGA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgaacaagtgactattgactatttggtaatggaatttcattgttgtctttcttagGTGAGAAGTGGGTTGTGCGTGTGGCCAAATGTGAGACAACTTTGCTTTAGAAAAGGCATTCTATATGGGTTTATGCGATTGTTTTCTACTCCGTTGAAAA
            tattgac  putative branch site (score: 2)
 ttgttgtctttctt  putative PPT
 aatttcatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
agtgtgtgtgtgtgtgtctgtgtctgttttacttgatattttgggtgaacaagtgactattgactatttggtaatggaatttcattgttgtctttcttagGTGAGAAGTGGGTTGTGCGTGTGGCCAAATGTGAGACAACTTTGCTTTAGAAAAGGCATTCTATATGGGTTTATGCGATTGTTTTCTACTCCGTTGAAAA

-gtgtgtg
- - - - - - -gtgtctg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgggtg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgacta