Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agattatagatgattttaattggtttttctttatatttctgggtttttagttgattgaatgatatgattttgacatgtttgttatgatttgtaactgcagTCAGAATGGAAAATTCAGCTATGGGTATGCTAGCTCCCCTGGCAAGAGATCTTCAATGGAAGATTTTTATGAGACAAAAATTGATGGTGTTGATGGTGAA

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G12220.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA14G12220.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os04g56450.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
agattatagatg--attttaa-ttggtttttctttatatttctgggtttttagttgattgaatgatatgattttgacatgtttgttatgatttgtaactgcagTCAGAATGGAAAATTCAGCTATGGGTATGCTAGCTCCCCTGGCAAGAGATCTTCAATGGAAGATTTTTATGAGACAAAAATTGATGGTGTTGATGGTGAA
  || |  | ||  ||  ||  ||| ||||    | ||  |   | | ||  |    |||  |    |  ||     |  ||| | ||  ||| |     ||| |||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||| || ||  |||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||   |||||||||  | 
-aatcaacgttgtcatggtagcttgattttatggtgtaaatgcagttattaggactgttgc-tctcctatttgctcaacatttctcattctttttttgc-cagCCAGAATGGTAAGTTTAGCTATGGGTATGCGAGCTCCCCTGGTAAAAGGGCTTCCATGGAAGACTTTTACGAGACAAGAATTGACTCTGTTGATGGGCAG

upper sequence: GLYMA14G12220.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: LOC_Os06g48300.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
-agattatagatgattttaattggtttttctttat-atttctgggtttttagttgattgaatgatatgattttgacatgtttgttatgatttgtaactgcagTCAGAATGGAAAATTCAGCTATGGGTATGCTAGCTCCCCTGGCAAGAGATCTTCAATGGAAGATTTTTATGAGACAAAAATTGATGGTGTTGATGGTGAA
  || | |   |       ||  || | |    ||       |  ||  |   || |   || |  |||| |||   |  || || ||  || | |   ||||   ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||| || || ||||| || | |||||||||||| ||||| || 
gggagtgttagtttcgaatatctgtatatagccattgacagagaattcgtttctgttattattacctgatattgttgttcttcttgtg--ttatcatgacagTGCAAATGGTAAATTTAGCTATGGTTATGCGAGCTCTCCTGGAAAAAGATCCTCCATGGAGGACTTCTATGACACCAGAATTGATGGTGTCGATGGAGAG

upper sequence: GLYMA14G12220.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G056572_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 1
agattatagatgattttaattggtttttctttatatttctgggttttta-gttga--ttgaatgatatgattttgacatgtttgttatgatttgtaactgc-agTCAGAATGGAAAATTCAGCTATGGGTATGCTAGCTCCCCTGGCAAGAGATCTTCAATGGAAGATTTTTATGAGACAAAAATTGATGGTGTTGATGGTGAA
   ||| || |   ||   |     | ||   | ||   |||  | | | ||||   ||| || |  |  || |    |||||   ||   || |  |||| || |||||||| | ||| |||||||| ||||| ||||||||||| || ||  | || |||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||| | 
ttgttacag-tagcttggctccaaatatc---aaatcagtggactatcatgttgttcttgtattacctatttgttcagtgtttcacatttattttttctgccagCCAGAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGCATCCATGGAAGACTTCTATGAGACAAAAATTGATTGTGTTGATGGTCAG

upper sequence: GLYMA14G12220.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G056572_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
agattatagat-gattttaattggtttttctttatatttctgggtttttagttgattgaatgatatgattttgacatgtttgttatgatttgtaactgc-agTCAGAATGGAAAATTCAGCTATGGGTATGCTAGCTCCCCTGGCAAGAGATCTTCAATGGAAGATTTTTATGAGACAAAAATTGATGGTGTTGATGGTGAA----
  |   ||| | |  |  || |      ||  |  | |     ||| ||      ||| || |  |  || |    |||||   ||   || |  |||| || |||||||| | ||| |||||||| ||||| ||||||||||| || ||  | || |||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||| |     
-tacagtagcttggctccaaatatcaaatcagtggactatcatgttgttc-----ttgtattacctatttgttcagtgtttcacatttattttttctgccagccagAATGGTAGATTTAGCTATGGCTATGCAAGCTCCCCTGGTAAAAGGGCATCCATGGAAGACTTCTATGAGACAAAAATTGATTGTGTTGATGGTCAGATAG

upper sequence: GLYMA14G12220.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv04s0008g07320.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 2
----agattatagatgattttaattggtttttctttatatt-tctgggtttttagttgattgaatgatatgattttgacat-gtttgttatgatttgtaactgcagTCAGAATGGAAAATTCAGCTATGGGTATGCTAGCTCCCCTGGCAAGAGATCTTCAATGGAAGATTTTTATGAGACAAAAATTGATGGTGTTGATGGTGAA
     ||   || |   |||   ||  | |||||  ||||  |||       ||   || || |    ||  |  | |||| || ||  ||| | | ||||   ||||| ||||| || |||||||| || |||||||| || || || || || |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || || 
ttgaggaccttataatgtttggttttatctttcta-atatcatctacaacaataa--gagtgcacaggatcttcctaacatagtgtgagatgttgtctaac---agTCATAATGGGAAGTTCAGCTACGGATATGCTAGTTCTCCCGGGAAAAGGTCTTCAATGGAAGATTTTTATGAGACAAGAATTGATGGTGTTGAAGGAGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|16996560|gb|BM085932.1|BM085932
EST:     AGCCAGGTTCATGCTGCAGAAGATTCACCTGTCAGTGGAGGGGGCCTCAG                         TCAGAATGGAAAATTCAGCTATGGGTATGCTAGCTCCCCTGGCAAGAGATC
genomic: AGCCAGGTTCATGCTGCAGAAGATTCACCTGTCAGTGGAGGGGGCCTCAGgtttttgttg ... gtaactgcagTCAGAATGGAAAATTCAGCTATGGGTATGCTAGCTCCCCTGGCAAGAGATC
EST: gi|213597178|gb|DB968217.1|DB968217
EST:     AGCCAGGTTCATGCTGCAGAAGATTCACCTGTCAGTGGAGGGGGCCTCAG                         TCAGAATGGAAAATTCAGCTATGGGTATGCTAGCTCCCCTGGCAAGAGATC
genomic: AGCCAGGTTCATGCTGCAGAAGATTCACCTGTCAGTGGAGGGGGCCTCAGgtttttgttg ... gtaactgcagTCAGAATGGAAAATTCAGCTATGGGTATGCTAGCTCCCCTGGCAAGAGATC
EST: gi|6502191|gb|AW203564.1|AW203564
EST:     AGCCAGGTTCATGCTGCAGAAGATTCACCTGTCAGTGGAGGGGGCCTCAG                         TCAGAATGGAAAATTCAGCTATGGGTATGCTAGCTCCCCTGGCAAGAGATC
genomic: AGCCAGGTTCATGCTGCAGAAGATTCACCTGTCAGTGGAGGGGGCCTCAGgtttttgttg ... gtaactgcagTCAGAATGGAAAATTCAGCTATGGGTATGCTAGCTCCCCTGGCAAGAGATC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tttagttgattgaatgatatgattttgacatgtttgttatgatttgtaactgcagTCAGAATGGAAAATTCAGCTATGGGTATGCTAGCTCCCCTGGCAAGAGATCTTCAATGGAAGATTTTTATGAGACAAAAATTGATGGTGTTGATGGTGAA
                                           ttgtaac  putative branch site (score: 2)
            aatgatatgatttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
agattatagatgattttaattggtttttctttatatttctgggtttttagttgattgaatgatatgattttgacatgtttgttatgatttgtaactgcagTCAGAATGGAAAATTCAGCTATGGGTATGCTAGCTCCCCTGGCAAGAGATCTTCAATGGAAGATTTTTATGAGACAAAAATTGATGGTGTTGATGGTGAA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - -tttctgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatatg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtttgt