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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaccctttcgttaattcccctcttttctgagagccttttgattaaagtacccttttttgttttttgttttgaattttctcttctgtgtattgttgctctctgatgtggtatatgtgtgtgtgcttcctgttagATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCCAGTTTCAGTGACGGTGCTAAATCTTTCTTACAAGGTCTGATTGATGACT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G06780.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209723707|gb|BW682786.1|BW682786
EST:     CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAG                         ATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
genomic: CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAGgtaccctttc ... ttcctgttagATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
EST: gi|213602108|gb|DB962601.1|DB962601
EST:     CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAG                         ATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
genomic: CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAGgtaccctttc ... ttcctgttagATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
EST: gi|192331879|gb|FK026663.1|FK026663
EST:     CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGGG                         ATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
genomic: CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAGgtaccctttc ... ttcctgttagATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
EST: gi|298175020|gb|HO018015.1|HO018015
EST:     CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAG                         ATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
genomic: CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAGgtaccctttc ... ttcctgttagATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
EST: gi|8284295|gb|BE021854.1|BE021854
EST:     CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAG                         ATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTGGAGGTTCCC
genomic: CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAGgtaccctttc ... ttcctgttagATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
EST: gi|213587578|gb|DB969719.1|DB969719
EST:     CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAG                         ATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
genomic: CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAGgtaccctttc ... ttcctgttagATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
EST: gi|209703690|gb|BW670680.1|BW670680
EST:     CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAG                         ATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
genomic: CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAGgtaccctttc ... ttcctgttagATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
EST: gi|209715661|gb|BW674347.1|BW674347
EST:     CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAG                         ATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
genomic: CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAGgtaccctttc ... ttcctgttagATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
EST: gi|213605458|gb|DB966951.1|DB966951
EST:     CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAG                         ATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC
genomic: CTCCTTTTTTGAGTGAATATGGCTTAATCTACTTTCGGGTTCTTGTTGAGgtaccctttc ... ttcctgttagATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tcttctgtgtattgttgctctctgatgtggtatatgtgtgtgtgcttcctgttagATAAAATGGTTGCTGCAGCTGTCTGTAATTCCTGAAATTGTTGAGGTTCCCAGTTTCAGTGACGGTGCTAAATCTTTCTTACAAGGTCTGATTGATGACT
                   ctctgat  putative branch site (score: 4)
                                            cttcctgtt  putative PPT
         tattgtt  TA-rich tract