Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacttctttctttctccaactcgtatatgcatgtgcatgtaatgttcacggttgattttctcatcaataactctctaaagttgagttggatccattatacatggctcttttttttatagtgatttgtgttttttgctttgttaacagATGCAAAGCTGCCTTTGTATGCTTTCAAGAAGGCTAATGGAAAGGATTTGGCCCTGCATGCATGCGCCGGGGAGCCTCCCCTCACATTCCTCGACTCACT

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA14G02500.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|120494153|gb|EH222320.1|EH222320
EST:     TCCCGTCGGAGGTTGTGGTCGGAATTGCCTCAAAGCTTGTTGCCTTCCAG                         ATGCAAAGCTGCCTTTGTATGCTTTCAAGAAGGCTAATGGAAAGGATTTGG
genomic: TCCCGTCGGAGGTTGTGGTCGGAATTGCCTCAAAGCTTGTTGCCTTCCAGgtacttcttt ... ttgttaacagATGCAAAGCTGCCTTTGTATGCTTTCAAGAAGGCTAATGGAAAGGATTTGG
EST: gi|11413203|gb|BF425214.1|BF425214
EST:     TCCCGTCGGAGGTTGTGGTCGGAATTGCCTCAAAGCTTGTTGCCTTCCAG                         ATGCAAAGCTGCCTTTGTATGCTTTCAAGAAGGCTAATGGAAAGGATTTGG
genomic: TCCCGTCGGAGGTTGTGGTCGGAATTGCCTCAAAGCTTGTTGCCTTCCAGgtacttcttt ... ttgttaacagATGCAAAGCTGCCTTTGTATGCTTTCAAGAAGGCTAATGGAAAGGATTTGG
EST: gi|19452462|gb|BM953872.1|BM953872
EST:     TCCCGTCGGAGGTTGTGGTCGGAATTGCCTCAAAGCTTGTTGCCTTCCAG                         ATGCAAAGCTGCCTTTGTATGCTTTCAAGAAGGCTAATGGAAAGGATTTGG
genomic: TCCCGTCGGAGGTTGTGGTCGGAATTGCCTCAAAGCTTGTTGCCTTCCAGgtacttcttt ... ttgttaacagATGCAAAGCTGCCTTTGTATGCTTTCAAGAAGGCTAATGGAAAGGATTTGG
EST: gi|151406689|gb|EV276504.1|EV276504
EST:     TCCCGTCGGAGGTTGTGGTCGGAATTGCCTCAAAGCTTGTTGCCTTCCAG                         ATGCAAAGCTGCCTTTGTATGCTTTCAAGAAGGCTAATGGAAAGGATTTGG
genomic: TCCCGTCGGAGGTTGTGGTCGGAATTGCCTCAAAGCTTGTTGCCTTCCAGgtacttcttt ... ttgttaacagATGCAAAGCTGCCTTTGTATGCTTTCAAGAAGGCTAATGGAAAGGATTTGG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cattatacatggctcttttttttatagtgatttgtgttttttgctttgttaacagATGCAAAGCTGCCTTTGTATGCTTTCAAGAAGGCTAATGGAAAGGATTTGGCCCTGCATGCATGCGCCGGGGAGCCTCCCCTCACATTCCTCGACTCACT
                                    ttttttgctttgtt  CT-rich tract
               ttttttttatagtgat  TA-rich tract