Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagtccaaaagttcccgtttttaacctaatcgagtcatggagtacccgatttctaaattagggttttcgtgtttctgtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCGTGGACGAGTACACCGTTCGTGTGGTTGATGTCTTCGCAATGCCGCAGAG

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G29660.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GLYMA13G29660.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: Vv18s0001g10820.t01 (Vitis vinifera), 3'ss of exon 1
------------------------------gtaagtccaaaagttcccgttt--ttaacctaatcgagtca-tggagtaccc-------gatttctaaattagggttttcgtgtttctgtaattg-------cagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCGTGGACGAGTACACCGTTCGTGTGGTTGATGTCTTCGCAATGCCGCAGAG
                               | | |   |  | | |  | |  ||    || |||  ||| |     ||||       | ||| | |||| |  || |  || ||  |  ||||        ||| || ||||| ||||||||||| || |||||| ||||||| ||||| ||||| || |||||||| |||||||| || ||||| ||||| |||||||||||
gtaacatcttgacgccaagacaagttttatttcaattttagggctgctttgtgatttttttattcgcatcacttccaaaccctaattagggtttttcaatttgttttcttttgatttggggattgggaataatagGGAGAGCTGGAGTTCCCATGGAAGTCATGGGTCTGATGCTGGGAGAGTTCGTTGATGAGTACACAGTTCGTGTAGTAGATGTGTTCGCGATGCCGCAGAG

upper sequence: GLYMA13G29660.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: PP1S146_35V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 1
-----------gtaagtccaaaagttcccgtttttaa---cctaatcgag-tcatggagtacccgatttctaaattagggttttcgtgtttctgtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCGTGGACGAGTACACCGTTCGTGTGGTTGATGTCTTCGCAATGCCGCAGAG
           ||  | | |      ||    |  ||   ||   ||| | | ||   |     |||||  |     || ||   |  |    ||   |||||| || || || ||||| ||||| ||||||||  ||||||| || || || |||||||||||||| |||||||| || ||||| || || ||||| |||||
tgttttttcacgtttggctatgtacacctagatgcaatatccctttcgtgcttatcaggaggttgatttgca---ctggtttcatgcctggacgttcgtgcagGTAGAGCGGGAGTTCCTATGGAAGTGATGGGACTGATGCTCGGGGAGTTTGTGGACGAGTACACTGTTCGTGTCGTAGATGTATTTGCTATGCCTCAGAG

upper sequence: GLYMA13G29660.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: PP1S46_324V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 1
----------gtaagtccaaaagttcccgtttttaacctaatcgag--tcat--ggagtacccgatttctaaattagggttttcgtgtttctgtaat--tgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCGTGGACGAGTACACCGTTCGTGTGGTTGATGTCTTCGCAATGCCGCAGAG
           |  ||| |     |   |  |||||   | | |    || |  ||||  |  |  ||| ||||| | |    |   |||     ||  |||||| || ||||| || || ||||||||||||||  |||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||| || ||||| || || ||||| |||||
tacattagggttcggtctattgtctaaagaatttaaatgacttgctcttcgttgggagggcttggattc-aaattggtga---caaatttggacgatcgtgcagGTAGAGCTGGAGTGCCTATGGAGGTGATGGGGCTGATGCTTGGGGAGTTCGTGGACGAGTACACTGTTCGTGTTGTGGATGTATTTGCTATGCCACAGAG

upper sequence: GLYMA13G29660.1 (Glycine max), 3'ss of exon 1
lower sequence: EFJ37436 (Selaginella moellendorffii), 3'ss of exon 1
gtaagtccaaaagttcccgtttttaacctaatcgagtcatggagtacccgatttctaaattagggttttcgtgtttctgtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCGTGGACGAGTACACCGTTCGTGTGGTTGATGTCTTCGCAATGCCGCAGAG
                            |||  |||  |  |||  ||  ||||      ||| | ||| | | ||||    | ||||| || ||||| || |||||||| || |||||  |||||||||| || || |||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||| |||||
---------------------------gtaag-gagggagagagctccgcattttcgtgctagagcttt-gcgcttctt---tcgcagGGAGAGCTGGAGTCCCCATGGAAGTCATGGGACTGATGCTTGGGGACTTTGTGGACGAGTACACTGTTCGCGTGGTGGACGTCTTTGCGATGCCTCAGAG

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|21994096|gb|BQ785624.1|BQ785624
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|193376890|gb|FK341869.1|FK341869
EST:     TCCTNACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: TCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|298198256|gb|HO039795.1|HO039795
EST:     CGAGCAGGTCTACATCCCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|7284749|gb|AW597299.1|AW597299
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|192313771|gb|FK007643.1|FK007643
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|298171472|gb|HO016504.1|HO016504
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|151402599|gb|EV272412.1|EV272412
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|213610910|gb|DB963212.1|DB963212
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|213606597|gb|DB959037.1|DB959037
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|7146579|gb|AW508501.1|AW508501
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTTAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|298198532|gb|HO040071.1|HO040071
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|151398629|gb|EV268500.1|EV268500
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|193604182|gb|FK558489.1|FK558489
EST:     GCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: GCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|7284717|gb|AW597267.1|AW597267
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|13478668|gb|BG508052.1|BG508052
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|298176230|gb|HO015635.1|HO015635
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|192314308|gb|FK007046.1|FK007046
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|12688174|gb|BG154510.1|BG154510
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGT
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGT
EST: gi|192314309|gb|FK007047.1|FK007047
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|208038332|gb|GD834974.1|GD834974
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGA
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGA
EST: gi|151398870|gb|EV268741.1|EV268741
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|207829445|gb|GD802747.1|GD802747
EST:     CAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|151408606|gb|EV278414.1|EV278414
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|192313770|gb|FK007642.1|FK007642
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|17518747|gb|BM187789.1|BM187789
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|298176955|gb|HO026962.1|HO026962
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGGTGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|16347873|gb|BI973468.1|BI973468
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGATAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|193305916|gb|FK269593.1|FK269593
EST:     TCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTC
genomic: TCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCT-GGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTC
EST: gi|151409203|gb|EV279011.1|EV279011
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|192324560|gb|FK018716.1|FK018716
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|13787964|gb|BG650556.1|BG650556
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|193381648|gb|FK347071.1|FK347071
EST:     TCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: TCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|298198097|gb|HO039636.1|HO039636
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|298184353|gb|HO029566.1|HO029566
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|151405132|gb|EV274946.1|EV274946
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|208288800|gb|GE086605.1|GE086605
EST:     TCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: TCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|298167820|gb|HO013083.1|HO013083
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCGTTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|120532185|gb|EH260318.1|EH260318
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|298195359|gb|HO039190.1|HO039190
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGAAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
EST: gi|7692669|gb|AW760770.1|AW760770
EST:     CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACG                         GAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG
genomic: CGAGCAGGTCTACATCTCCTCACTCGCTCTCCTCAAGATGCTTAAGCACGgtaagtccaa ... gtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gagtcatggagtacccgatttctaaattagggttttcgtgtttctgtaattgcagGAAGGGCTGGGGTTCCCATGGAGGTGATGGGTTTGATGCTTGGAGAATTCGTGGACGAGTACACCGTTCGTGTGGTTGATGTCTTCGCAATGCCGCAGAG
                   ttctaaa  putative branch site (score: 2)
                                        tttctgt  putative PPT
                 atttctaaatta  TA-rich tract