1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
...ttttgtatttgaaggattaatttcgttttgatcgcgatgatttgggaactgtaggtgactcattctttatttattgatgctcttttttgtggtgccgcagATAATTTCTCCGTATCATTTGTACTTGAACCCTATATTGGTGGTGAAGCAATATCAGTTTTGGCGCCTGGTTACTAATTTCTTGTACTTTCGTAAAATGG
species | Glycine max |
transcript | GLYMA13G27600.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCTCCTATCTCACCGCTGCTGTTGTCACCACTATCGGATGCTCCCTTGAT ATAATTTCTCCGTATCATTTGTACTTGAACCCTATATTGGTGGTGAAGCAAEST: gi|192327521|gb|FK018197.1|FK018197
genomic: GCTCCTATCTCACCGCTGCTGTTGTCACCACTATCGGATGCTCCCTTGATgtaaaccccc ... ggtgccgcagATAATTTCTCCGTATCATTTGTACTTGAACCCTATATTGGTGGTGAAGCAA
EST: GCTCCTATCTCACCGCTGCTGTTGTCACCACTATCGGATGCTCCCTTGAT ATAATTTCTCCGTATCATTTGTACTTGAACCCTATATTGGTGGTGAAGCAAEST: gi|298194426|gb|HO041074.1|HO041074
genomic: GCTCCTATCTCACCGCTGCTGTTGTCACCACTATCGGATGCTCCCTTGATgtaaaccccc ... ggtgccgcagATAATTTCTCCGTATCATTTGTACTTGAACCCTATATTGGTGGTGAAGCAA
EST: GCTCTTATCTCACCGCTGCTGTTGTCACCACCATCGGATGTTCCCTTGAT ATAATTTCTCCGTATCATTTGTACTTGAACCCTAGATTGGTGGTGAAGCAAEST: gi|192319097|gb|FK010633.1|FK010633
genomic: GCTCCTATCTCACCGCTGCTGTTGTCACCACTATCGGATGCTCCCTTGATgtaaaccccc ... ggtgccgcagATAATTTCTCCGTATCATTTGTACTTGAACCCTATATTGGTGGTGAAGCAA
EST: GCTCCTATCTCACCGCTGCTGTTGTCACCACTATCGGATGCTCCCTTGAT ATAATTTCTCCGTATCATTTGTACTTGAACCCTATATTGGTGGTGAAGCAAEST: gi|192305754|gb|FG995710.1|FG995710
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genomic: GCTCCTATCTCACCGCTGCTGTTGTCACCACTATCGGATGCTCCCTTGATgtaaaccccc ... ggtgccgcagATAATTTCTCCGTATCATTTGTACTTGAACCCTATATTGGTGGTGAAGCAA
EST: GCTCCTATCTCACCGCTGCTGTTGTCACCACTATCGGATGCTCCCTTGAT ATAATTTCTCCGTATCATTTGTACTTGAACCCTATATTGGTGGTGAAGCAA
genomic: GCTCCTATCTCACCGCTGCTGTTGTCACCACTATCGGATGCTCCCTTGATgtaaaccccc ... ggtgccgcagATAATTTCTCCGTATCATTTGTACTTGAACCCTATATTGGTGGTGAAGCAA
gaactgtaggtgactcattctttatttattgatgctcttttttgtggtgccgcagATAATTTCTCCGTATCATTTGTACTTGAACCCTATATTGGTGGTGAAGCAATATCAGTTTTGGCGCCTGGTTACTAATTTCTTGTACTTTCGTAAAATGG
tattgat putative branch site (score: 3)
attctttatttattga TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttttgtatttgaaggattaatttcgttttgatcgcgatgatttgggaactgtaggtgactcattctttatttattgatgctcttttttgtggtgccgcagATAATTTCTCCGTATCATTTGTACTTGAACCCTATATTGGTGGTGAAGCAATATCAGTTTTGGCGCCTGGTTACTAATTTCTTGTACTTTCGTAAAATGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgatttg
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