Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...tatttattttttacaatgtacattacatatcagatgctgataaaatgctataaatcttttgcaacttacttaatgtcttgtaatgtttttaaaatgttagAATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAGCCAGAACCTGTTGATTATAATTATGGCTTTGGTGCGACAGTTGATATAC

Basic information

species Glycine max
transcript GLYMA13G25460.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|209704875|gb|BW661692.1|BW661692
EST:     GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCCTTCTAT                         AATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAG
genomic: GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCCTTCTATgtaagtcctt ... aaaatgttagAATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAG
EST: gi|19452590|gb|BM954000.1|BM954000
EST:     GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCCTTCTAT                         AATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAG
genomic: GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCCTTCTATgtaagtcctt ... aaaatgttagAATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAG
EST: gi|298166217|gb|HO009188.1|HO009188
EST:     GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCCTTCTAT                         AATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAG
genomic: GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCCTTCTATgtaagtcctt ... aaaatgttagAATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAG
EST: gi|192321114|gb|FK013560.1|FK013560
EST:     GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCCTTCTAT                         AATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAGG
genomic: GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCCTTCTATgtaagtcctt ... aaaatgttagAATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAG
EST: gi|12774563|gb|BG239490.1|BG239490
EST:     GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCCTTCTAT                         AATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAG
genomic: GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCCTTCTATgtaagtcctt ... aaaatgttagAATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAG
EST: gi|213602689|gb|DB968915.1|DB968915
EST:     GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCCTTCTAT                         AATCCTGGAAGTGTT--CGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAG
genomic: GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCCTTCTATgtaagtcctt ... aaaatgttagAATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAG
EST: gi|209707209|gb|BW656827.1|BW656827
EST:     GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCCTTCTAT                         AATCCTGGAAGTGTTC--GCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAG
genomic: GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCCTTCTATgtaagtcctt ... aaaatgttagAATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAG
EST: gi|14126115|gb|BG790553.1|BG790553
EST:     GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCCTTCTAT                         AATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAG
genomic: GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCCTTCTATgtaagtcctt ... aaaatgttagAATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAG
EST: gi|209729488|gb|BW651841.1|BW651841
EST:     GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCCTTCTAT                         AATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAG
genomic: GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCCTTCTATgtaagtcctt ... aaaatgttagAATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAG
EST: gi|192299791|gb|FG990057.1|FG990057
EST:     GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCCTTCTAT                         AATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAG
genomic: GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCCTTCTATgtaagtcctt ... aaaatgttagAATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAG
EST: gi|19937699|gb|BQ081388.1|BQ081388
EST:     GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCCTTCTAT                         AATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAG
genomic: GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCCTTCTATgtaagtcctt ... aaaatgttagAATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAG
EST: gi|8284003|gb|BE021562.1|BE021562
EST:     GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCCTTCTAT                         AATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAG
genomic: GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCCTTCTATgtaagtcctt ... aaaatgttagAATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAG
EST: gi|7591513|gb|AW707244.1|AW707244
EST:     GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCCTTCTAT                         AATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAG
genomic: GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCCTTCTATgtaagtcctt ... aaaatgttagAATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAG
EST: gi|209705878|gb|BW675983.1|BW675983
EST:     GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCCTTCTAT                         AATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAG
genomic: GTCGCTATGACAGTAACCCCTTCGATGAGGAAGAAGTTAACCCCTTCTATgtaagtcctt ... aaaatgttagAATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAG


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tgctataaatcttttgcaacttacttaatgtcttgtaatgtttttaaaatgttagAATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAGCCAGAACCTGTTGATTATAATTATGGCTTTGGTGCGACAGTTGATATAC
                                ttgtaatgtttttaaa  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
tatttattttttacaatgtacattacatatcagatgctgataaaatgctataaatcttttgcaacttacttaatgtcttgtaatgtttttaaaatgttagAATCCTGGAAGTGTTCCCGCTGCCACTAATTCAAGGCTTTCACCTCTGAAGCCAGAACCTGTTGATTATAATTATGGCTTTGGTGCGACAGTTGATATAC

- - - - - - - aatgtac
- - - - - - - - - - - - - - - cagatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aatgcta
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgtcttg