Sequence
atgc intronic sequence ATGC exonic sequence...gaaaagatcccatgagaagtgattgagggattgtattcatctgaatttatacaatataattattgtgatggcaatgatgttttctgttctgtgggtacagGGCTTTAGGAAGGTTGATTCGGACCGTTGGGAGTTTGCGAATGAAGGATTCCAAGGAGGGAAGAAGCATTTGCTGAAGAACATAAGGAGGAGGTGTAAGT
Basic information
species | Glycine max |
transcript | GLYMA13G16510.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
Mapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|19270463|gb|BM886719.1|BM886719EST: ATTTCTCCAGCTTCGTTCGCCAGCTCAACACCTAT GGCTTTAGGAAGGTTGATTCGGACCGTTGGGAGTTTGCGAATGAAGGATTC
genomic: ATTTCTCCAGCTTCGTTCGCCAGCTCAACACCTATgtcagtcaaa ... gtgggtacagGGCTTTAGGAAGGTTGATTCGGACCGTTGGGAGTTTGCGAATGAAGGATTC
atgc intronic sequence ATGC exonic sequenceIntronic sequence truncated to 55 bases.tttatacaatataattattgtgatggcaatgatgttttctgttctgtgggtacagGGCTTTAGGAAGGTTGATTCGGACCGTTGGGAGTTTGCGAATGAAGGATTCCAAGGAGGGAAGAAGCATTTGCTGAAGAACATAAGGAGGAGGTGTAAGT
aatataattattgtga TA-rich tract
Putative cis-regulatory sequences
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
| | ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|
gaaaagatcccatgagaagtgattgagggattgtattcatctgaatttatacaatataattattgtgatggcaatgatgttttctgttctgtgggtacagGGCTTTAGGAAGGTTGATTCGGACCGTTGGGAGTTTGCGAATGAAGGATTCCAAGGAGGGAAGAAGCATTTGCTGAAGAACATAAGGAGGAGGTGTAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
gaaaagat
- - - - cccatga
- - - - - - - - - gtgattg
- - - - - - - - - - - - - gggattg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -catctga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtgatgg